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$HOME 内のローカル ライブラリとして armadillo (現在のバージョンは 5.100.1) を使用できるようにする必要があります (クラスター アプリケーションであり、すべての計算ノードにインストールすることはできませんが、$HOME は共有フォルダーです)。私は cmake を使用してアプリケーションを管理していますが、他の場所ではなく $HOME (boost など) のローカル ライブラリに cmake をリンクさせることができました。Armadillo には BLAS と LAPACK が必要ですが、どちらにも OpenBLAS を使用できます (実際にはそのように推奨されています)。しかし、自分の cmake .configure で OpenBLAS を検出したことを確認しても、Armadillo に強制的に OpenBLAS を使用させる方法がわかりません。純粋な armadillo フォルダーで ./configure を実行した場合の出力は次のとおりです。

$ ./configure
-- Configuring Armadillo 5.100.1
-- CMAKE_SYSTEM_NAME          = Linux
-- CMAKE_CXX_COMPILER_ID      = GNU
-- CMAKE_CXX_COMPILER_VERSION = 4.9.1
-- CMAKE_COMPILER_IS_GNUCXX   = 1
-- Found MKL libraries: /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so
-- Found OpenBLAS: /home/rolf/lib/libopenblas.so
-- Found BLAS: /usr/lib64/libblas.so
-- Found LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so
--      MKL_FOUND = YES
--   ACMLMP_FOUND = NO
--     ACML_FOUND = NO
-- OpenBLAS_FOUND = YES
--    ATLAS_FOUND = NO
--     BLAS_FOUND = YES
--   LAPACK_FOUND = YES
-- 
-- *** If the MKL or ACML libraries are installed in non-standard locations such as
-- *** /opt/intel/mkl, /opt/intel/composerxe/, /usr/local/intel/mkl
-- *** make sure the run-time linker can find them.
-- *** On Linux systems this can be done by editing /etc/ld.so.conf
-- *** or modifying the LD_LIBRARY_PATH environment variable.
-- 
-- *** On systems with SELinux enabled (eg. Fedora, RHEL),
-- *** you may need to change the SELinux type of all MKL/ACML libraries
-- *** to fix permission problems that may occur during run-time.
-- *** See README.txt for more information
-- 
-- Found ARPACK: /usr/lib64/libarpack.so
-- ARPACK_FOUND = YES
-- Could not find SuperLU
-- SuperLU_FOUND = NO
-- 
-- *** Armadillo wrapper library will use the following libraries:
-- *** ARMA_LIBS = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so;/usr/lib64/libarpack.so
-- 
-- Detected gcc 4.8.3 or later. Added '-std=c++11' to compiler flags
-- Copying /home/rolf/work/pdefect/armadillo/include/ to /home/rolf/work/pdefect/armadillo/tmp/include/
-- Generating /home/rolf/work/pdefect/armadillo/tmp/include/config.hpp
-- Generating /home/rolf/work/pdefect/armadillo/examples/Makefile
-- CMAKE_CXX_FLAGS           =  -std=c++11 -O2
-- CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS =  -Wl,--no-as-needed
-- CMAKE_REQUIRED_INCLUDES   = 
-- *** CMAKE_INSTALL_PREFIX was initalised by cmake to the default value of /usr/local
-- *** CMAKE_INSTALL_PREFIX changed to /usr
-- *** Detected 64 bit system
-- *** /usr/lib64/ exists, so destination directory for the run-time library changed to /usr/lib64/
-- *** Your system and/or compiler must search /usr/lib64/ during linking
-- CMAKE_INSTALL_PREFIX = /usr
-- INSTALL_LIB_DIR      = /usr/lib64
-- INSTALL_INCLUDE_DIR  = /usr/include
-- INSTALL_DATA_DIR     = /usr/share
-- INSTALL_BIN_DIR      = /usr/bin
-- Generating '/home/rolf/work/pdefect/armadillo/ArmadilloConfig.cmake'
-- Generating '/home/rolf/work/pdefect/armadillo/ArmadilloConfigVersion.cmake'
-- Generating '/home/rolf/work/pdefect/armadillo/InstallFiles/ArmadilloConfig.cmake'
-- Generating '/home/rolf/work/pdefect/armadillo/InstallFiles/ArmadilloConfigVersion.cmake'
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/rolf/work/pdefect/armadillo

したがって、$ HOMEでの検索に成功しますが、後で共有ライブラリへのライブラリのリンクを照会すると

$ cmake .
$ make

BLAS と LAPACK のログイン ノードの標準コピーにリンクされていることがわかりますが、OpenBLAS は使用されていません。

$ ldd libarmadillo.so.5.100.1
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff05b9b000)
        libmkl_rt.so => /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so (0x00007f14d2558000)
        libarpack.so.2 => /home/rolf/lib/libarpack.so.2 (0x00007f14d230a000)
        libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00007f14d1fe9000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f14d1d64000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007f14d1b4e000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f14d17ba000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d83400000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f14d15b5000)
        libblas.so.3 => /usr/lib64/libblas.so.3 (0x00007f14d135e000)
        liblapack.so.3 => /usr/lib64/atlas/liblapack.so.3 (0x00007f14d0b3d000)
        libgfortran.so.3 => /usr/lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f14d084a000)
        libf77blas.so.3 => /usr/lib64/atlas/libf77blas.so.3 (0x00007f14d062d000)
        libcblas.so.3 => /usr/lib64/atlas/libcblas.so.3 (0x00007f14d040c000)
        libatlas.so.3 => /usr/lib64/atlas/libatlas.so.3 (0x00007f14cfcfe000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f14cfae1000)

残念ながら、libblas.so.3 と liblapack.so.3 はノードでは利用できません。

$ ssh node01 'ldd  /home/rolf/work/pdefect/armadillo/libarmadillo.so.5.100.1 | grep "not found" '
    libblas.so.3 => not found
    liblapack.so.3 => not found

/usr/lib64 にある BLAS と LAPACK の標準コピーではなく、OpenBLAS のローカル コピーにコンパイルしてリンクするように armadillo を強制するにはどうすればよいですか。よくある質問に次のような注意書きがあります。

*  For Linux-based systems the automatic installer can figure out that
OpenBLAS, MKL, ACML or ATLAS are installed, and will use them instead of
the standard LAPACK and BLAS libraries. See README.txt within the Armadillo
archive for more information.

しかし、上記の結果から、そうではないようです。ここで私が間違っていることを誰かに教えてもらえますか?

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Armadillo に、必要な BLAS と LAPACK とそれらの場所を直接使用するように指示できます。armadillo ヘッダーをインクルードする前に定義しARMA_DONT_USE_WRAPPER、お持ちの BLAS および LAPACK とリンクする必要があります。

例えば：

g++ code.cpp -o code -O3 -DARMA_DONT_USE_WRAPPER -L/home/abc/libs -lmyblas -lmylapack

ライブラリ/home/abc/libsがあるディレクトリに置き換えます。-lmyblas -lmylapackBLAS および LAPACK 関数を実装するライブラリに変更します (例: -lopenblas)

システム リンカーもライブラリを検索する必要があることに注意してください。LD_LIBRARY_PATH環境変数を設定する必要がある場合があります。例えば：

export LD_LIBRARY_PATH=/home/abc/libs:${LD_LIBRARY_PATH}

または、コンパイル中に静的にリンクすることもできます ( -staticg++ のスイッチを参照してください) 。

于 2015-10-05T09:53:36.803 に答える