foreach を使用して並列シミュレーションを行うことについて質問があります。何時間も費やしてエラーが発生し続けるので、事前に助けていただければ幸いです。
私は foreach() をシミュレーション研究に使用しています。各反復で、その関数自体にいくつかの「通常の」ループがある関数を実行します。順番に実行すると、完全に正常に動作します。Linux サーバーでは、R 内で foreach を使用して並列に実行すると正常に動作しますが、「nohup R CMD BATCH」コマンドを使用してバッチ モードで実行するとすぐに、エラーが返され始めます。シミュレーションごとにシード番号を手動で設定しました。つまり、R 内で並列に実行する場合でも、バッチ モードで並列に実行する場合でも、R 内で順次実行する場合でも、私のコードは基本的に同じシミュレートされたデータで実行されるため、1 つの方法で生成されない場合他のエラーもエラーにつながるべきではありませんが、奇妙なことに、そうではありません。誰かが同じ挑戦をしましたか?
私は何時間もかけて例外処理を行いましたが、何も起こりませんでした。
これが私のコードです:
dataSim <- function(seedNum, n, mi, beta0FE, beta1, beta0RE){
# Setting the seed number:
set.seed(seedNum)
# Generating covariates:
x <- rnorm(n, mean = 0, sd = 1)
# Generating Y:
data <- data.frame(id = rep(1:n, each = mi), x = rep(x, each = mi),
beta0_RE = rep(beta0RE, each = mi))
etaTmp <- data$beta0_RE + beta0FE + beta1*data$x
piTmp <- exp(etaTmp)/(1 + exp(etaTmp))
data$Y <- sapply(piTmp, rbinom, n = 1, size = 1)
return(data)
}
# Data Simulation Parameters:
n <- 100
mi <- 30
beta0FE <- 0.3
beta1 <- 1
beta0RE <- rnorm(n, 0, 1)
# Simulation Parameters:
nSim <- 10000
nIter <- 4000
LME_Freq_Fun <- function(data){
fit.LME <- try(glmmPQL(Y ~ x, random = ~ 1 | id,
family = binomial, data = data))
print(class(fit.LME)[1])
if (class(fit.LME)[1] == "try-error"){
return(list(coef.FE.LME = rep(NA, 3),
coef.RE.LME = rep(NA, n)))
}else{
return(list(coef.FE.LME = fit.LME$coefficients$fixed,
coef.RE.LME = fit.LME$coefficients$random$id))
}
}
LME_Freq_RSLT <- foreach (i = 1:nSim) %dopar%{
print(paste("i=", i))
print("-------")
data <- dataSim(i, n, mi, beta0FE, beta1, beta0RE)
LME_Freq_Fun(data)
}
# Extracting elements from foreach:
Coef.Fixed.LME <- t(sapply(1:nSim ,function (i)
return(LME_Freq_RSLT[[i]][[1]] )))
Coef.Rand.LME <- t(sapply(1:nSim ,function (i)
return(LME_Freq_RSLT[[i]][[2]] )))
「試行」なしで、私は取得し続けます:タスク3527が失敗しました-「$演算子は原子ベクトルに対して無効です」
試してみると、私の Coef.Fixed.LME はすべての要素が "numeric.2" で非常に奇妙になります!