r - データフレームのサブセットをランダム化し、各レプリケートの結果を保存するレプリケート機能

Question

次のようなデータフレーム (df2) があります。

locus transect  fq  d   
Locus_1 A 0.000 20
Locus_1 A 0.000 35    
Locus_1 A 0.000 50
Locus_2 A 0.200 20
Locus_2 A 0.083 35
Locus_2 A 0.125 50
Locus_3 A 0.134 20   
Locus_3 A 0.208 35
Locus_3 A 0.218 50
Locus_4 A 0.000 20
Locus_4 A 0.000 35
Locus_4 A 0.000 50
Locus_5 A 0.100 20
Locus_5 A 0.000 35
Locus_5 A 0.038 50    ...

基本的に、各遺伝子座は、中心からの距離が異なるトランセクトに沿って 3 回サンプリングされます。何千もの遺伝子座があります。このデータセットから、頻度と距離の相関を計算します。

次の手順は次のとおりです。

• 各遺伝子座の位置をランダム化し (つまり、最初の 3 行、2 番目の 3 行のグループなど)、新しい相関を計算します。基本的に、各遺伝子座間で d 値 (20-35-50) をシャッフルしたいと考えています。イオン
• これを1000回
• 各複製の結果を保存します

Plyr主にとを使おうとしていますdplyr。

これは私が思いついたコードです:

df3 <- group_by(df2, transect, locus) #setting up groups to which apply functions


data <- replicate(1000, {
  test <- sample_n(df3, 3, replace=F) #shuffle by group
  Rho <- ddply(test, .(transect, locus), summarise, corr= cor(fq, d, method = "spearman")) #calculate correlation
  Rho[is.na(Rho)] <- 0 #replacing missing values with zero
  Rho_mean_bylocus <- ddply(Rho, .(locus), summarise, mean=mean(corr))  #average correlation over transect
  }, simplify = TRUE)

結果は次のようになります。

 [,1]        [,2]        [,3]        [,4]       
locus factor,978  factor,978  factor,978  factor,978 
mean  Numeric,978 Numeric,978 Numeric,978 Numeric,978
       [,5]        [,6]        [,7]        [,8]       
locus factor,978  factor,978  factor,978  factor,978 
mean  Numeric,978 Numeric,978 Numeric,978 Numeric,978
      [,9]        [,10]      
locus factor,978  factor,978 
mean  Numeric,978 Numeric,978

（私は978個の遺伝子座を持っています）。

replicate()関数に埋め込んでみました

 rand.rho <- function(x) {  #I have tried also without using a function, but still does not work

  data <- replicate(1000, {
  test <- sample_n(df3, 3, replace=F) #shuffle
  Rho <- ddply(test, .(transect, locus), summarise, corr= cor(fq, d, method = "spearman")) #calculate correlation
  Rho[is.na(Rho)] <- 0 #replacing missing values with zero
  Rho_mean_bylocus <- ddply(Rho, .(locus), summarise, mean=mean(corr)) #average correlation over transect
  }, simplify = TRUE)

df4 <- rand.rho(df3)

しかし、私はエラーが発生します:

Error in list_to_dataframe(res, attr(.data, "split_labels"), .id, id_as_factor) : 
Results must be all atomic, or all data frames
In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)

私は途方に暮れています。

ここですでに他の回答を探し、提案を実装しようとしましたが、まだ機能していません。

何かアドバイス？