10

私は、学校のクラス内およびクラス間でさまざまなプロパティを説明するのに適したディスプレイを見つけようとしています。各クラスには、15〜30個のデータポイント（生徒）しかありません。

現在、私はひげのない箱ひげ図に傾いており、1.、2のみを示しています。3.四分位数+データポイント、たとえば1母集団SD+/-サンプル中央値。

これは私にできます。

ただし、教師が最も気に入っているものを評価するために、このグラフを一部の教師に表示する必要があります。グラフを通常の箱ひげ図と比較したいと思います。ただし、外れ値が1つしかない場合、または同じ値に5つの外れ値がある場合、通常の箱ひげ図は同じように見えます。この場合、これは取引を破る可能性があります。

例えば

test <-structure(list(value = c(3, 5, 3, 3, 6, 4, 5, 4, 6, 4, 6, 4, 
4, 6, 5, 3, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 5, 6, 6, 4, 3, 5, 4, 
6, 5, 6, 4, 5, 5, 3, 4, 4, 6, 4, 4, 5, 5, 3, 4, 5, 8, 8, 8, 8, 
9, 6, 6, 7, 6, 9), places = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 
2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 
2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 
1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), .Label = c("a", "b"), class = "factor")), .Names = c("value", 
"places"), row.names = c(NA, -60L), class = "data.frame")

ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot()

ここでは、（ "a"、9）に2つの外れ値がありますが、表示されている「ドット」は1つだけです。

だから私の質問：外れ値をジッターする方法。そして、この種のデータに対してどのような表示を提案しますか？

4

5 に答える 5

9

あなたは機能を再定義することができます

GeomBoxplot$draw<-function (., data, ..., outlier.colour = "black", outlier.shape = 16, 
    outlier.size = 2, outlier.jitter=0) 
{
    defaults <- with(data, data.frame(x = x, xmin = xmin, xmax = xmax, 
        colour = colour, size = size, linetype = 1, group = 1, 
        alpha = 1, fill = alpha(fill, alpha), stringsAsFactors = FALSE))
    defaults2 <- defaults[c(1, 1), ]
        if (!is.null(data$outliers) && length(data$outliers[[1]] >= 
        1)) {
            pp<-position_jitter(width=outlier.jitter,height=0)
            p<-pp$adjust(data.frame(x=data$x[rep(1, length(data$outliers[[1]]))], y=data$outliers[[1]]),.scale)
        outliers_grob <- GeomPoint$draw(data.frame(x=p$x, y = p$y, colour = I(outlier.colour), 
            shape = outlier.shape, alpha = 1, size = outlier.size, 
            fill = NA), ...)
    }
    else {
        outliers_grob <- NULL
    }
    with(data, ggname(.$my_name(), grobTree(outliers_grob, GeomPath$draw(data.frame(y = c(upper, 
        ymax), defaults2), ...), GeomPath$draw(data.frame(y = c(lower, 
        ymin), defaults2), ...), GeomRect$draw(data.frame(ymax = upper, 
        ymin = lower, defaults), ...), GeomRect$draw(data.frame(ymax = middle, 
        ymin = middle, defaults), ...))))
}

ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot(outlier.jitter=0.05)

これはアドホックソリューションです。もちろん、OOPの意味では、GeomBoxplotのサブクラスを作成し、関数をオーバーライドする必要があります。ggplot2は素晴らしいので、これは簡単です。

===サブクラス定義の例として追加===

GeomBoxplotJitterOutlier <- proto(GeomBoxplot, {
   draw <- function (., data, ..., outlier.colour = "black", outlier.shape = 16, 
    outlier.size = 2, outlier.jitter=0) {
# copy the body of function 'draw' above and paste here.
}

  objname <- "boxplot_jitter_outlier"
  desc <- "Box and whiskers plot with jittered outlier"
  guide_geom <- function(.) "boxplot_jitter_outlier"

})
geom_boxplot_jitter_outlier <- GeomBoxplotJitterOutlier$build_accessor()

次に、サブクラスで行うことができます。

ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot_jitter_outlier(outlier.jitter=0.05)
于 2010-06-10T01:28:32.667 に答える
2

データ ポイントの数が少ないため、外れ値だけでなくすべてのポイントをプロットする必要があります。これは、箱ひげ図内の点の分布を見つけるのに役立ちます。

geom_jitter でそれを行うことができますが、box_plot は既に外れ値のドットをプロットしていることに注意してください。そのため、それらを 2 回表示しないようにするには、boxplot の外れ値表示を でオフにする必要がありますgeom_boxplot(outlier.shape = NA)。

library("ggplot2")

test <-structure(list(value = c(3, 5, 3, 3, 6, 4, 5, 4, 6, 4, 6, 4, 4, 6, 5, 3, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 5, 6, 6, 4, 3, 5\
, 4, 6, 5, 6, 4, 5, 5, 3, 4, 4, 6, 4, 4, 5, 5, 3, 4, 5, 8, 8, 8, 8, 9, 6, 6, 7, 6, 9), places = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L, 1L\
, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, \
1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), .Label = c("a", "b"), class =\
 "factor")), .Names = c("value", "places"), row.names = c(NA, -60L), class = "data.frame")

# adding a level that you will use latter for giving colors
l <- rep(c(10,20,30,40,50,60), 10)
test$levels<-l

# [1]
# original plot
ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot()

# [2]
# plot with outlier from boxplot and the points jittered to see
# distribution (outliers and the same point from position jitter would be
# counted twice for each different height)
dev.new()
ggplot(data=test, aes(x=places, y=value)) + geom_boxplot() +  geom_jitter(position=position_jitter(width=0.1, height=0))

# [3]
# make wider the jitter to avoid overplotting because there are a lot
# of points with the same value, also remove the outliers from boxplot
# (they are plotted with the geom_jitter anyway)
dev.new()
ggplot(data=test, aes(x=places, y=value)) + geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_jitter(position=position_jitter(width=0.3, height=0))

# [4]
# adding colors to the points to see if there is a sub-pattern in the distribution
dev.new()
ggplot(data=test, aes(x=places, y=value)) + geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_jitter(position=position_jitter(width=0.3, height=0), aes(colour=levels))

# [5]
# adding a bit of vertical jittering
# jittering (a good option for a less discrete datasets)
dev.new()
ggplot(data=test, aes(x=places, y=value)) + geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_jitter(position=position_jitter(width=0.3, height=0.05), aes(colour=levels))

# [6]
# finally remember that position_jitter makes a jittering of a 40% of
# the resolution of the data, so if you forget the height=0 you will
# have a total different picture
dev.new()
ggplot(data=test, aes(x=places, y=value)) + geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_jitter(position=position_jitter(width=0.2))

ここに画像の説明を入力

于 2011-07-01T16:50:44.363 に答える
1

これはあなたが探しているものを手に入れますか？ジッタが始まる限界は自動的ではありませんが、始まりです。

g = ggplot(test, aes(x = places,y = value))

g + geom_boxplot(outlier.colour = rgb(0,0,0,0)) + geom_point(data = test[test$value > 8,], position = position_jitter(width = .4))
于 2010-06-09T23:17:45.300 に答える
1

コード住居はもう機能しません。ggplot2 の現在のバージョンでは、次のクラスを使用しました。

DrawGeomBoxplotJitterOutlier <- function(data, panel_params, coord, ...,
                                         outlier.jitter.width=NULL, 
                                         outlier.jitter.height=0,
                                         outlier.colour = NULL, 
                                         outlier.fill = NULL,
                                         outlier.shape = 19, 
                                         outlier.size = 1.5, 
                                         outlier.stroke = 0.5,
                                         outlier.alpha = NULL) {
  boxplot_grob <- ggplot2::GeomBoxplot$draw_group(data, panel_params, coord, ...)
  point_grob <- grep("geom_point.*", names(boxplot_grob$children))
  if (length(point_grob) == 0)
    return(boxplot_grob)

  ifnotnull <- function(x, y) ifelse(is.null(x), y, x)

  if (is.null(outlier.jitter.width)) {
    outlier.jitter.width <- (data$xmax - data$xmin) / 2
  }

  x <- data$x[1]
  y <- data$outliers[[1]]
  if (outlier.jitter.width > 0 & length(y) > 1) {
    x <- jitter(rep(x, length(y)), amount=outlier.jitter.width)
  }

  if (outlier.jitter.height > 0 & length(y) > 1) {
    y <- jitter(y, amount=outlier.jitter.height)
  }

  outliers <- data.frame(
    x = x, y = y,
    colour = ifnotnull(outlier.colour, data$colour[1]),
    fill = ifnotnull(outlier.fill, data$fill[1]),
    shape = ifnotnull(outlier.shape, data$shape[1]),
    size = ifnotnull(outlier.size, data$size[1]),
    stroke = ifnotnull(outlier.stroke, data$stroke[1]),
    fill = NA,
    alpha = ifnotnull(outlier.alpha, data$alpha[1]),
    stringsAsFactors = FALSE
  )
  boxplot_grob$children[[point_grob]] <- ggplot2::GeomPoint$draw_panel(outliers, panel_params, coord)



  return(boxplot_grob)
}

GeomBoxplotJitterOutlier <- ggplot2::ggproto("GeomBoxplotJitterOutlier", 
                                             ggplot2::GeomBoxplot, 
                                             draw_group = DrawGeomBoxplotJitterOutlier)

geom_boxplot_jitter_outlier <- function(mapping = NULL, data = NULL, 
                                        stat = "boxplot", position = "dodge",
                                        ..., outlier.jitter.width=0, 
                                        outlier.jitter.height=NULL,
                                        na.rm = FALSE, show.legend = NA, 
                                        inherit.aes = TRUE) {
  ggplot2::layer(
    geom = GeomBoxplotJitterOutlier, mapping = mapping, data = data,
    stat = stat, position = position, show.legend = show.legend,
    inherit.aes = inherit.aes, params = list(na.rm = na.rm,
      outlier.jitter.width=outlier.jitter.width,
      outlier.jitter.height=outlier.jitter.height, ...))
}
于 2017-10-08T17:27:20.773 に答える