r - facet_wrap を使用すると、geom_bar のバーの幅が不必要に異なる

Question

次の問題の解決策を見つけることができます。たくさんの助けをいただければ幸いです！

次のコードは、ファセットを使用して棒グラフを生成します。ただし、「余分なスペース」が原因で、ggplot2 の一部のグループでは、0.1 などの幅を指定しても、バーがはるかに広くなります。非常にプロフェッショナルに見えないので、非常に迷惑だと思います。すべてのバーが同じに見えるようにします (塗りつぶしを除く)。誰かがこれを修正する方法を教えてくれることを願っています。

次に、ファセット ウィンドウ内のさまざまなクラスを並べ替えて、順序が常に C1、C2 ... C5、M、F、該当する場合はすべてになるようにするにはどうすればよいですか。因子のレベルを並べてみましたが、すべてのクラスがすべてのグラフ部分に存在するわけではないため、機能しなかったか、少なくともそれが理由だったと思います。

第三に、バー間のスペースを減らすにはどうすればよいですか? グラフ全体がより圧縮されるようにします。エクスポートのために画像を小さくしても、R はバーを小さくスケーリングしますが、バー間のスペースは依然として巨大です。

これらの回答に対するフィードバックをいただければ幸いです。

私のデータ: http://pastebin.com/embed_iframe.php?i=kNVnmcR1

私のコード:

library(dplyr)
library(gdata)
library(ggplot2)
library(directlabels)
library(scales) 

all<-read.xls('all_auto_visual_c.xls')

all$station<-as.factor(all$station)
#all$group.new<-factor(all$group, levels=c('C. hyperboreus','C. glacialis','Special Calanus','M. longa','Pseudocalanus sp.','Copepoda'))

allp <- ggplot(data = all, aes(x=shortname2, y=perc_correct, group=group,fill=sample_size)) + 

  geom_bar(aes(fill=sample_size),stat="identity", position="dodge", width=0.1, colour="NA") + scale_fill_gradient("Sample size (n)",low="lightblue",high="navyblue")+
  facet_wrap(group~station,ncol=2,scales="free_x")+

  xlab("Species and stages") + ylab("Automatic identification and visual validation concur (%)") +
  ggtitle("Visual validation of predictions") + 
  theme_bw() + 

  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold", size=20,vjust=1), axis.text.x = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=.5,vjust=.5,face="bold"), axis.text.y = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=1,vjust=0,face="bold"),  axis.title.x = element_text(colour="grey20",size=15,angle=0,hjust=.5,vjust=0,face="bold"), axis.title.y = element_text(colour="grey20",size=15,angle=90,hjust=.5,vjust=1,face="bold"),legend.position="none", strip.text.x = element_text(size = 12, face="bold", colour = "black", angle = 0), strip.text.y = element_text(size = 12, face="bold", colour = "black"))
allp

#ggsave(allp, file="auto_visual_stackover.jpeg", height= 11, width= 8.5, dpi= 400,)

修正が必要な現在のグラフ:

どうもありがとう！

Answer 1

ここでは、Gregor からの提案に従って私が行ったことを示します。geom_segment と geom_point を使用すると、私が思うように素晴らしいグラフが作成されます。

library(ggplot2)

all<-read.xls('all_auto_visual_c.xls')

all$station<-as.factor(all$station)
all$group.new<-factor(all$group, levels=c('C. hyperboreus','C. glacialis','Combined','M. longa','Pseudocalanus sp.','Copepoda'))
all$shortname2.new<-factor(all$shortname2, levels=c('All','F','M','C5','C4','C3','C2','C1','Micro',     'Oith','Tric','Cegg','Cnaup','C3&2','C2&1'))

allp<-ggplot(all, aes(x=perc_correct, y=shortname2.new)) +
  geom_segment(aes(yend=shortname2.new), xend=0, colour="grey50") +
  geom_point(size=4, aes(colour=sample_size)) +
  scale_colour_gradient("Sample size (n)",low="lightblue",high="navyblue") +
  geom_text(aes(label = perc_correct, hjust = -0.5)) +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major.y = element_blank()) +
  facet_grid(group.new~station,scales="free_y",space="free") +
  xlab("Automatic identification and visual validation concur (%)") + ylab("Species and stages")+
  ggtitle("Visual validation of predictions")+
  theme_bw() + 
  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold", size=20,vjust=1), axis.text.x = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=.5,vjust=.5,face="bold"), axis.text.y = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=1,vjust=0,face="bold"), axis.title.x = element_text(colour="grey20",size=15,angle=0,hjust=.5,vjust=0,face="bold"), axis.title.y = element_text(colour="grey20",size=15,angle=90,hjust=.5,vjust=1,face="bold"),legend.position="none", strip.text.x = element_text(size = 12, face="bold", colour = "black", angle = 0), strip.text.y = element_text(size = 8, face="bold", colour = "black"))

allp

ggsave(allp, file="auto_visual_no_label.jpeg", height= 11, width= 8.5, dpi= 400,)

生み出すのはこれ！

Answer 2

バーの幅が X ブレークの数に反比例すると仮定すると、バーwidthの幅を制御する美学として適切な倍率を入力できます。ただし、最初に、各パネルの x ブレークの数を計算し、倍率を計算して、それらを「すべて」のデータ フレームに戻します。

ggplot2 2.0.0 への更新 に記載されている各列facet_wrapは、ストリップ内に独自の行を取得します。編集では、新しいラベル変数がデータフレームに設定され、ストリップ ラベルが 1 行に残るようになります。

library(ggplot2)
library(plyr)

all = structure(list(station = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Station 101", 
"Station 126"), class = "factor"), shortname2 = structure(c(2L, 
7L, 8L, 11L, 1L, 5L, 7L, 8L, 11L, 1L, 2L, 3L, 5L, 7L, 8L, 12L, 
11L, 1L, 6L, 8L, 15L, 14L, 9L, 10L, 4L, 6L, 2L, 7L, 8L, 11L, 
1L, 5L, 7L, 8L, 11L, 1L, 2L, 3L, 5L, 7L, 8L, 12L, 11L, 1L, 8L, 
11L, 1L, 15L, 14L, 13L, 9L, 10L), .Label = c("All", "C1", "C2", 
"C2&1", "C3", "C3&2", "C4", "C5", "Cegg", "Cnaup", "F", "M", 
"Micro", "Oith", "Tric"), class = "factor"), color = c(1L, 2L, 
3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 
18L, 19L, 21L, 26L, 30L, 31L, 33L, 34L, 20L, 21L, 1L, 2L, 3L, 
4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 
19L, 26L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L), group = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 6L, 5L, 3L, 3L, 3L, 3L, 6L, 6L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 3L, 3L, 
3L, 3L, 3L), .Label = c("cgla", "Chyp", "Cope", "mlong", "pseudo", 
"specC"), class = "factor"), sample_size = c(11L, 37L, 55L, 16L, 
119L, 21L, 55L, 42L, 40L, 158L, 24L, 16L, 17L, 27L, 14L, 45L, 
98L, 241L, 30L, 34L, 51L, 22L, 14L, 47L, 13L, 41L, 24L, 41L, 
74L, 20L, 159L, 18L, 100L, 32L, 29L, 184L, 31L, 17L, 27L, 23L, 
21L, 17L, 49L, 185L, 30L, 16L, 46L, 57L, 16L, 12L, 30L, 42L), 
    perc_correct = c(91L, 78L, 89L, 81L, 85L, 90L, 91L, 93L, 
    80L, 89L, 75L, 75L, 76L, 81L, 86L, 76L, 79L, 78L, 90L, 97L, 
    75L, 86L, 93L, 74L, 85L, 88L, 88L, 90L, 92L, 90L, 91L, 89L, 
    89L, 91L, 90L, 89L, 81L, 88L, 74L, 78L, 90L, 82L, 84L, 82L, 
    90L, 94L, 91L, 81L, 69L, 83L, 90L, 81L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-52L))

all$station <- as.factor(all$station)

# Calculate scaling factor and insert into data frame
library(plyr)
N = ddply(all, .(station, group), function(x) length(row.names(x)))
N$Fac = N$V1 / max(N$V1)
all = merge(all, N[,-3], by = c("station", "group"))
all$label = paste(all$group, all$station, sep = ", ")


allp <- ggplot(data = all, aes(x=shortname2, y=perc_correct, group=group, fill=sample_size, width = .5*Fac)) + 
  geom_bar(stat="identity", position="dodge",  colour="NA") +
  scale_fill_gradient("Sample size (n)",low="lightblue",high="navyblue")+
  facet_wrap(~label,ncol=2,scales="free_x")   +
  xlab("Species and stages") + ylab("Automatic identification and visual validation concur (%)") +
  ggtitle("Visual validation of predictions") + 
  theme_bw() + 
  theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold", size=20,vjust=1),
    axis.text.x = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=.5,vjust=.5,face="bold"), 
    axis.text.y = element_text(colour="grey20",size=12,angle=0,hjust=1,vjust=0,face="bold"), 
    axis.title.x = element_text(colour="grey20",size=15,angle=0,hjust=.5,vjust=0,face="bold"), 
    axis.title.y = element_text(colour="grey20",size=15,angle=90,hjust=.5,vjust=1,face="bold"),
    legend.position="none", 
    strip.text.x = element_text(size = 12, face="bold", colour = "black", angle = 0), 
    strip.text.y = element_text(size = 12, face="bold", colour = "black"))

allp