Fortran で MAT ファイルを開きたいのですが、サンプル ファイルに従いました。コンパイルとリンクは、エラーや警告なしで行われます。
これはメイクファイルです:
FC = gfortran
FCFLAGS = -g -fcheck=all -Wall
INCLUDES = -I/usr/local/matlab2008a/extern/include
LFLAGS = -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64
LIBS = -lmat -lmx
LDFLAGS = "-Wl,-rpath,/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64"
main: main.o param.o dmotifs.o ssa.o
$(FC) $(LFLAGS) $(LIBS) $(LDFLAGS) -o main main.o param.o dmotifs.o ssa.o
param.o: param.f90
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
dmotifs.o: dmotifs.f90 param.o
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
ssa.o: ssa.f90 dmotifs.o
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
main.o: main.f90 param.o dmotifs.o ssa.o
$(FC) -c -cpp $(FCFLAGS) $(INCLUDES) $<
clean:
rm -f *.o *.mod *.MOD
ただし、スクリプトを実行すると、セグメンテーション違反エラーが発生します。
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#0 0x37B4C19497
#1 0x37B4C19ADE
#2 0x37B1E358EF
#3 0x7F1EA50EA7C1
#4 0x401A69 in MAIN__ at main.f90:75
Segmentation fault
これはメインコードです:
#include "fintrf.h"
PROGRAM main
USE ssa
IMPLICIT NONE
CHARACTER(LEN=6) :: argfun
TYPE(fhandle), DIMENSION(13) :: fmotifs
TYPE(funnames), DIMENSION(13) :: fnames
TYPE(PRM) p
REAL, DIMENSION(4) :: y0
REAL tf
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: t
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: y
TYPE(OPTIONS) opt
INTEGER fin
REAL nM2m
! MAT-FILE Declarations !
INTEGER*8 matOpen, matGetDir !, matGetNextVariable
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) !, name
!===========================!
nM2m=1.355178815844751e3;
opt%numsample=2000
tf=1000000
call get_command_argument(1,argfun)
call makemotifs(fnames,fmotifs)
call getparamdef(p)
if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
write(*,*) "No such motif: ",argfun
write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
stop
else
fin=fchton(argfun)
y0=nint(nM2m*analys(p,argfun))
!*** ==> OPEN MAT-file <== ***!
mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')
if (mp .eq. 0) then
write(6,*) "Can't open MAT-file"
stop
end if
dir = matgetdir(mp, ndir)
if (dir .eq. 0) then
write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
stop
endif
call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)
do 20 i=1,ndir
call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
20 continue
write(6,*) 'Directory of Mat-file:'
do 30 i=1,ndir
write(6,*) names(i)
30 continue
write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
write(6,*) ' With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
call mxDestroyArray(pa)
clstat=matClose(mp)
call gillespie(fmotifs(fin),y0,p,tf,opt,t,y)
end if
行 75 (エラー メッセージで指摘されているように):dir = matgetdir(mp, ndir)
問題を解決する方法がわかりません。MAT ファイルの開始部分をコメント アウトすると、すべて正常に動作します。MAT ファイルには、float 3D 配列 (9x5x10000) と 2 つのスカラーが含まれています。
編集
integer*8
64 ビット システムの場合、ポインタをの代わりにとして宣言する必要があるようですinteger
。これを行ったとき、次の行で再びセグメンテーション違反が発生します。
call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)
このトピックに関する Mathworks のドキュメントはほとんどなく、非常に簡単な日常業務のように見えます。実際に fortran で MAT ファイルを開いた人は地球上にいますか? 誰かスクリプトを共有してもらえますか?