テーブルに欠落しているデータを代入し、代入されたテーブルで Cox モデルを実行したいと考えています。
自分のデータで実行する代入と、代入されたデータで実行する cox モデルを取得できますが、値の一部が代入されたデータセットからの cox 出力を表示する方法がわかりません (つまり、特に出力のハザード比と P 値)。
コマンドは次のとおりです。
>library("mice")
>Table <-read.table("TestTable",stringsAsFactors=TRUE,header=TRUE)
次に、関連する変数が因子であることを確認します (たとえば、コホートを 0 または 1 にして、これらが異なるカテゴリとして認識されるようにします)。
> Table$Cohort <-as.factor(Table$Cohort)
> Table$Sex <-as.factor(Table$Sex)
> Table$Type <-as.factor(Table$Type)
> Table$Grade <-as.factor(Table$Grade)
> Table$Comorbidity <-as.factor(Table$Comorbidity)
> Table$SNP1 <-as.factor(Table$SNP1)
> Table$SNP2 <-as.factor(Table$SNP2)
次に、後で Cox モデルを解釈しやすくするために、因子を再レベル化します。
>Table$SNP1 <-relevel(Table$SNP1,"WT")
>Table$SNP2 <-relevel(Table$SNP2,"WT")
>Table$Grade <-relevel(Table$Grade,"1")
>Table$Comorbidity <-relevel(Table$Comorbidity,"1")
次に、データを代入しました。2 レベルを超えるカテゴリ データの場合は polyreg、3 レベルの因子の場合は logreg です。
imp <-mice(Table,maxit=5,seed=12345,me=c("","","","","","","","","","","","polyreg","polyreg","logreg","logreg"))
次に、Cox モデルを実行して、帰属データセットで実行しました。
library("survival")
Table$Survival <-as.numeric(Table$Survival)
cox_with_imp <- with(imp,coxph(Surv(Survival,Event)~strata(Cohort) + strata(Grade) + strata(Comorbidity) + factor(SNP1) + factor(SNP2)))
出力は 5 つの cox モデル分析です。情報がまとまらず困っています。「pool(cox_with_imp)」と入力すると、いくつかの統計情報が表示されます。しかし、HR 値と P 値を含む「プールされた」テーブルが必要です。
5 つの帰属 Cox モデルを、HR 値と P 値を持つ 1 つのコンセンサス Cox モデルにプールするために私が入力したコマンドを知っている人はいますか?
ありがとう。