完全な glmer モデルのモデル選択に、dredge の並列計算バージョン (パッケージ MUMIn) を使用しようとしています。
modmer.pom.full<-glmer(cbind(TEST,CONTROL)~ G+MS+l+MS*l+G*MS+G*l+I(l^2) + (1|c)+(1|s)+(1|l)+offset(log(qTEST/qCONTROL)),family=binomial(link = "logit"),data=df.pom.mer, control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))
Rクラスターを並行して実行するように設定した後、
cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)
clusterExport(cl,"df.pom.mer")
次のように pdredge 関数を使用しようとしました。
pdredge(modmer.pom.full,cluster=cl,rank = "AIC")
しかし、評価はありません。逆に、すべてのサブモデルに対して次の出力が得られました。
Warning messages:
1: In eval(expr, envir, enclos) :
could not find function "glmer" (model 0 skipped)
非並列計算関数 dredge を使用した場合、この問題は発生しませんでした。pdredgeでglmerが認識されていないようですが、原因がわかりませんでした。私は MUMIn と並列パッケージの両方の新しいユーザーなので、pdredge 引数に importnat が不足している可能性がありますか?
どうもありがとう、フアン