csplit - csplit を使用して fasta ファイルを分割する

Question

大きな fasta ファイルを小さなファイルに分割する必要があります。次のコマンドを試しています：

csplit -z input.fasta '/>/' '{*}'

しかし、それは多くのファイルを生成しています（">"ごとに）。小さいファイルを 2 つだけ作成するように依頼する方法はありますか?

ありがとうございました

Answer 1

そのマンページによると、csplit は指定されたパターンが出現するたびにファイルを分割します。つまり、シーケンスごとに 1 つのファイルを生成します。

ファイルの内容を無視してファイル サイズでファイルを分割する場合は、-parameterを使用した分割を参照してください。-C

それでも、ファイルの途中にあるシーケンス ブロックが分割されている可能性があるため、2 つの有効な fasta ファイルを取得できない場合があります。