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org-mode と org-babel を実験ノートとして使い始めたところです。コード ブロックを使用してテーブルの 2 つの列を埋めようとしています。最初の列は正しい数値であるため、コード ブロックは機能しているようです。ただし、文字列を列 3 のファイル名に連結して、コード ブロックが別のファイル セットで機能するようにしようとすると、代わりに元のファイルでコード ブロックを実行するように見え、列 1 と同じ出力が生成されます。 

#+name: tRNAs
#+begin_src sh :var filename="" :results silent
cd Data/tRNA
grep -c ">" $filename
#+end_src


#+tblname: sequences
| # of Sequences before QC | # after QC | Original File name|
|--------------------------+------------+------------------|
|                   681865 |     681865 | read1            |
|                   324223 |     324223 | read2            |
|                  1014578 |    1014578 | read3            |
|                   971965 |     971965 | read4            |
|                   931777 |     931777 | read5            |
|                   810798 |     810798 | read6            |
|                   965134 |     965134 | read7            |
|                   718474 |     718474 | read8            |
|--------------------------+------------+------------------|
#+TBLFM: $1='(org-sbe tRNAs (filename (concat "\"" $3 "\"")))
#+TBLFM: $2='(org-sbe tRNAs (filename (concat "\"final_" $3 "\"")))
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