毒性試験のデータがあります。私の応答変数は ですPlutei。これは、収集された通常の形の幼虫 (6 回の複製) の数です。
- 2つの異なる種から
- 1 年の 5 つの異なる時期に
- 3 つの異なるサイトで。
私はこの幼虫を次のように処理しました：
- 3種類の金属
- それぞれ6つの異なる濃度で（毒性を分析するため）。
Plutei測定した応答における各因子 (およびそれらの相互作用) の有意性を評価したいと考えており、パッケージ バージョン 2.2-1のadonis関数を使用して実行したいと考えていました。vegan
次のようなデータフレームを作成しました。
Time Species Site Metal Concentration Plutei Replicates
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 78 1
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 78 2
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 77 3
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 80 4
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 80 5
T1 Paracentrotus Antignano Zn 60 79 6
T1 Paracentrotus Antignano Zn 70 70 1
T1 Paracentrotus Antignano Zn 70 69 2
T1 Paracentrotus Antignano Zn 70 70 3
T1 Paracentrotus Antignano Zn 70 71 4
これはstr(mydata)次のとおりです。
str(mydata) 'data.frame': 3241 obs. of 7 variables:
$ Time : Factor w/ 6 levels "T1","T2","T3",..: 6 1 1
$ Species : Factor w/ 3 levels "Arbacia","Paracentrotus",..: 3 2
$ Site : Factor w/ 4 levels "Antignano","Chioma",..: 4 1
$ Metal : Factor w/ 4 levels "Cd","Cu","Metal",..: 3 4
$ Concentration: Factor w/ 23 levels "100","100/70",..: 23 15 1
$ Plutei : Factor w/ 90 levels "0","1","10","11",..: 90 77 77 76
$ Repl : Factor w/ 7 levels "1","2","3","4",..: 7 1 2 3 4 5 6 1 2 3 ...
adonis関数を実行しようとすると、
perm <- adonis(Plutei ~ Time * Species * Site * Metal, data = mydata, permutations = 999)
次のメッセージが表示されます。
Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) :
'x' must be an array of at least two dimensions
私は何を間違っていますか？