python - Ruffus パイプラインでサブディレクトリを使用する方法

Question

Ruffus パイプラインのドキュメントでは、コードとデータが同じディレクトリにあると想定しているようです。すべての例には、相対パスのない入力および出力ファイル指定子があります。たとえば、変換するファイルが現在のディレクトリにない場合、以下の構文をどのように変更すればよいでしょうか?

@transform(map_dna_sequence,                   # Input = previous stage
        suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
        ".bam")  

Answer 1

Ruffusの最新バージョンでは、新しいディレクトリに出力できます。

@transform(map_dna_sequence,           # Input = previous stage
    suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
    ".bam",
    output_dir = "/path/to/a/new_directory")  

それ以外の場合は、ではなくformatter()またはregexを使用してディレクトリを変更できますsuffix。これらはどちらもかなり強力ですが、構文はより複雑です...

ところで、ruffus ニュースグループにも投稿することをお勧めします。