公開された論文のリストを取得するための基準 (論文が公開されたときの名前と日付範囲) のリストがあります。私は Biopython の Bio Entrez を使用して、Entrez から論文を取得しています。
著者名でクエリを実行して結果を取得できますが、データを処理して日付を取得する方法がわかりません。これは私がやったことです：
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term = "" )
result = Entrez.read(handle)
handle.close()
ids = result['IdList']
print ids
#for each ids go through it and pull the summary
for uid in ids:
handle2 = Entrez.esummary(db="pubmed", id=uid, retmode= "xml")
result2 = Entrez.read(handle2)
handle2.close()
出力は次のようになります
[{'DOI': '10.1016/j.jmoldx.2013.10.002', 'Title': 'Validation of a next-generation sequencing assay for clinical molecular oncology.', 'Source': 'J Mol Diagn', 'PmcRefCount': 7, 'Issue': '1', 'SO': '2014 Jan;16(1):89-105', 'ISSN': '1525-1578', 'Volume': '16', 'FullJournalName': 'The Journal of molecular diagnostics : JMD', 'RecordStatus': 'PubMed - indexed for MEDLINE', 'ESSN': '1943-7811', 'ELocationID': 'doi: 10.1016/j.jmoldx.2013.10.002', 'Pages': '89-105', 'PubStatus': 'ppublish+epublish', 'AuthorList': ['Cottrell CE', 'Al-Kateb H', 'Bredemeyer AJ', 'Duncavage EJ', 'Spencer DH', 'Abel HJ', 'Lockwood CM', 'Hagemann IS', "O'Guin SM", 'Burcea LC', 'Sawyer CS', 'Oschwald DM', 'Stratman JL', 'Sher DA', 'Johnson MR', 'Brown JT', 'Cliften PF', 'George B', 'McIntosh LD', 'Shrivastava S', 'Nguyen TT', 'Payton JE', 'Watson MA', 'Crosby SD', 'Head RD', 'Mitra RD', 'Nagarajan R', 'Kulkarni S', 'Seibert K', 'Virgin HW 4th', 'Milbrandt J', 'Pfeifer JD'], 'EPubDate': '2013 Nov 6', 'PubDate': '2014 Jan', 'NlmUniqueID': '100893612', 'LastAuthor': 'Pfeifer JD', 'ArticleIds': {'pii': 'S1525-1578(13)00219-5', 'medline': [], 'pubmed': ['24211365'], 'eid': '24211365', 'rid': '24211365', 'doi': '10.1016/j.jmoldx.2013.10.002'}, u'Item': [], 'History': {'received': '2013/02/04 00:00', 'medline': ['2014/08/30 06:00'], 'revised': '2013/08/23 00:00', 'pubmed': ['2013/11/12 06:00'], 'aheadofprint': '2013/11/06 00:00', 'accepted': '2013/10/01 00:00', 'entrez': '2013/11/12 06:00'}, 'LangList': ['English'], 'HasAbstract': 1, 'References': ['J Mol Diagn. 2014 Jan;16(1):7-10. PMID: 24269227'], 'PubTypeList': ['Journal Article'], u'Id': '24211365'}]
私が理解していることから常にxml出力があるとは限らないEfetchの使用を調べてみました。xmlを解析することで日付をフィルタリングできると思った
proj_start = '2009 Jan 01'
proj_start = time.strptime(proj_start, '%Y %b %d')
for paper in results2:
handle = open(paper)
record = Entrez.read(handle)
pub_dat=time.strptime(record["EPubDate"], '%Y %b %d')
次のエラーが表示されます: Traceback (most recent call last):
File "<ipython-input-39-13bcded12392>", line 2, in <module>
handle = open(paper)
TypeError: coercing to Unicode: need string or buffer, ListElement found
何かが足りない気がするので、これをクエリに直接入力できるはずです。また、これを行うのが難しい方法のように見えるにもかかわらず、この方法が機能しない理由もわかりません。これを行うより良い方法はありますか？xml.etree を使用してこれを実行しようとしましたが、同様のエラーも発生しました。