レジストリ以外に、あなたがやりたいことを厳密に行う方法は考えられません。少なくとも、さらに抜本的な対策が必要です。しかし、このレジストリの変更を行うことは大したことではありません。自動ログオンのユーザー名/パスワードを変更して、コンピューターを再起動するだけです。ユーザーがログオフしたときにコンピューターを再起動するには、ログオフするのではなく実際に再起動する「ログオフ」オプションをユーザーに与えます。私は他の場所がそれをしているのを見ました。
(編集)参考:レジストリ編集の場合、WindowsにはREGコマンドがあり、そのルートを使用する場合に役立ちます。(/ edit)
また、どのようなプロセスを実行しようとしていますか?対話が必要なGUIアプリでない場合は、大きな苦労をする必要はありません。アプリをリモートで実行するだけです。私の仕事では、psexecを使用して非常に簡単に実行し、コードをリモートで実行するC++プログラムも作成しました。それほど難しいことではありません。C++でWinAPI関数を呼び出して、リモートPCにサービスをリモートで登録して開始すると、サービスは必要な処理を実行します(それ自体、または他のものを起動するためのステージングポイントとして) )、次に自分自身の登録を解除します。私は単純なWebページ用にPythonを使用しただけなので、必要なDLLにアクセスするためにPythonがどのようなサポートを提供しているかはわかりませんが、それが可能な場合は、ここでPythonを使用できます。
または、さらに良いことに、これをリモートで実行する必要はなく、毎晩実行したい場合は、Windowsスケジューラを使用して、夜間に実行したいアプリケーションを実行できます。そのためのWindowsコマンドがいくつかあるので、プログラムでこれを行うこともできます。1つは「at」コマンドです。もう1つは今は思い出せませんが、少しグーグルで見つけることができます。