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nvd3 directiveだけでなく、ディレクティブのソースコードに踏み込んだ奇妙な問題ですが、それでも理由が見つかりません。
plunkerに入れ、app.jsのコメント行 34 と 35 を切り替えると、問題が表示されます。
$scope.data に新しい値を設定すると、グラフはうまく機能しますが、newData を設定すると、グラフは機能しません。
angular-nvd3 ディレクティブをデバッグしました。データ オブジェクト全体を変更すると、$watch('data') (angular-nvd3.js 行 320)は引き続き機能しますが、scope.chart.update() は正しく機能しません。 . nvd3.js がチャート データを保持している場所がどこにも見つからなかったので、何が起こったのか、なぜ機能しないのか本当にわかりません....

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