Mono 4.0.1 でコンソール アプリとして実行されている Phalanger 3.0 に問題があります。
Program.php
<?php
echo 'Hello world';
?>
コンパイル
$mono phpc.exe Program.php /out:Program.exe
走る
$mono Program.exe
出力
Encoding cannot be loaded.
fileEncoding=""
Hello world
不足している構成はありますか、それとも正常ですか?