一連の生化学反応の詳細を含むSBMLファイルがあります。各反応には、一連の反応物 (代謝物) があります。私の目標は、各反応の反応物のリストを取得することです。次のように、反応物のリストに手動でアクセスできます。
library(SBMLR)
currentFile = readSBML("Sample.xml")
currentReactants = currentFile$reactions$R_DM_4CRSOL$reactants
ここで、 R_DM_4CRSOLは最初の反応の名前です。そして、反応物のリストを取得するたびに、reactionID を指定する必要があります。しかし問題は、2700 の反応があり、プロセスを自動化する必要があるということです。ReactioinID を変数に代入して、以下のようにコマンドを実行してみました。しかし、次のようには機能しません。
a = "R_DM_4CRSOL"
b = currentFile$reactions$a$reactants
最後に、各反応に対して実行可能なコマンドの文字列を作成することを考えました。文字列を作成できましたが、実行方法がわかりません。sys を使用してみましたが、次のような警告が表示されます。
a = "$R_DM_4CRSOL"
b = paste("currentFile$reactions",a,"$reactants",sep="")
d = system(b)
警告メッセージ: 実行中のコマンド 'currentFile$reactions$R_DM_4CRSOL$reactants' のステータスは 127 でした
どうすればこれを達成できるか教えてください。前もって感謝します。