ConfigSource=localfile を使用して、接続文字列を本番サーバー上の別のファイルに保持します。これはうまくいきます。
しかし、IIS7 Manager を使用してサーバー上の接続文字列を編集すると、文字列が web.config に戻ってしまいます。その後の展開では、新しい web.config が到着すると、それらの編集が破棄されます。
II7 は、接続 (または appsettings) 文字列を編集する場合、元のファイルにそれらを戻す必要があります。
番号？
実際、このシーケンスのどこかで、元の localfile が (xml ファイルのヘッダー行だけに) 切り詰められているようにさえ見えます。これは、次の展開後にエラーになります。