グローバル スコープのアニメーションが ShadowDOM で機能するかどうかを明確にしたかったのです。
つまり、ShadowDOM にまたがるクラスがありますが、そこからのアニメーションは ShadowDOM の下の要素では機能しません。
要素のすぐ下にアニメーションを追加すると、すべて正常に動作するようです。
動作: http://jsbin.com/doqotexuzi/edit?html,output
動作
しません: http://jsbin.com/rutojemoli/edit?html,output
(例では、ネイティブの ShadowDOM サポートが必要です。Chromium で動作します)