biopython - biopython のクラス DSSP は、アミノ酸の相対的な溶媒アクセシビリティ値を示しますか?

Question

現在、biopythonのDSSPモジュールを使用して、タンパク質中のアミノ酸の相対的な溶媒アクセシビリティを持ちたいと考えています。出力に rsa (相対溶媒アクセシビリティ) があるかどうか、または計算する必要があるかどうかわかりません。どんな助けでも大歓迎です。ありがとう。 

Answer 1

簡単な答え: はい、そうです。残基タイプごとの正規化を出力します。 https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/DSSP.py 44行目

これは、Sander & Rost, (1994), Proteins, 20:216-226 の指示に従って正規化します。問題は、それで十分ですか？そうではないかもしれません。biopython コードは RSA > 1 を許可しないことに注意してください。これは理にかなっていますが、黙って数を制限するのではなく、警告を発します。

それを正規化する他の方法もあります。