グループ間の違いを同時にテストするために、92個のタンパク質でANOVAを実行しました
x <- data.frame(p.value=sapply(df[,2:93], function(i) summary(aov(i ~ df$X.Alcohol))[[1]][["Pr(>F)"]][[1]]))
pAlcohol<-x[x$p.value < 0.05/92,,drop=F]
グループ間で有意に異なるタンパク質を取得します。グループがどのように異なるかを確認するために、事後テストを行いたいと思います。これは機能します：
y <- data.frame(post=sapply(df[,2:93], function(i) TukeyHSD((aov(i ~ df$X.Alcohol)), ordered = TRUE)))
しかし、重要なタンパク質だけでなく、すべてのタンパク質に対してそれを行います. pAlcohol に含まれるタンパク質だけのテストを行いたいのです。
また、現在、92 個のタンパク質すべてに対して事後テストを実行すると、それらが 3 行にリストされます (3 つのグループがあります)。すべてのタンパク質に対して 3 つの新しい行を作成することは可能ですか?