pvclustR のパッケージを使用して、 p 値を持つ階層クラスタリング デンドログラムを取得しています。
「ウォード」クラスタリングと「ユークリッド」距離法を使用したいと考えています。を使用すると、どちらも私のデータで正常に動作しhclustます。ただしpvclust、「無効なクラスタリング メソッド」というエラー メッセージが引き続き表示されます。この問題は明らかに「病棟」法に起因します。「平均」法などの他の方法はうまく機能し、「ユークリッド」法自体もうまく機能するからです。
これは私の構文と結果のエラーメッセージです:
result <- pvclust(t(data2007num), method.hclust="ward", method.dist="euclidean", nboot=100)
Bootstrap (r = 0.5)...
Error in hclust(distance, method = method.hclust) : invalid clustering method
私のデータ マトリックスの形式は次のとおりです (28 か国 x 20 のポリシー ディメンション)。
X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 X9 X10 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y7 Y8 Y9 Y10
AUT 2 3 4 2 1 1 4 3 2 2 2 3 3 4 4 2.0 5 4 0 3
GER 3 5 3 2 1 3 2 4 4 5 4 0 4 5 4 3.0 5 5 3 2
SWE 5 5 1 5 4 3 1 4 4 5 3 4 5 2 4 3.0 3 3 5 0
NLD 4 4 2 3 2 1 0 4 4 0 4 4 4 2 2 4.0 4 4 2 5
ESP 3 4 1 4 5 0 3 2 4 1 4 3 3 1 2 3.0 2 2 0 2
ITA 3 2 0 3 1 1 3 3 5 5 4 2 4 1 1 2.0 0 2 0 2
FRA 3 2 1 3 1 2 4 2 5 2 3 2 3 3 5 4.0 1 2 0 3
DNK 5 2 1 3 4 4 2 4 3 0 4 4 2 3 5 2.0 5 4 5 3
GRE 3 3 2 5 2 1 3 2 2 2 3 2 3 0 2 3.0 0 1 0 2
CHE 5 4 3 3 4 3 2 3 4 1 4 4 2 1 1 3.0 5 4 0 3
BEL 3 2 3 1 4 2 4 2 2 2 3 3 3 1 5 2.0 2 3 2 0
CZE 2 4 3 3 2 2 1 2 5 2 3 1 4 1 2 3.0 1 4 0 2
POL 3 3 4 4 0 1 3 3 2 2 4 2 2 0 3 4.0 2 2 0 3
IRL 3 1 2 1 4 3 2 1 5 4 3 2 2 1 3 2.0 0 1 1 2
LUX 2 1 2 5 3 2 2 5 4 2 2 4 3 2 4 3.0 2 3 0 1
HUN 1 3 2 3 2 1 4 3 5 4 2 3 4 3 3 2.0 3 2 4 2
PRT 3 2 3 5 4 1 4 1 5 5 3 2 2 1 2 2.0 1 1 1 1
AUS 4 1 2 1 2 3 1 1 1 5 4 5 3 1 2 3.0 1 3 5 1
CAN 1 1 1 1 4 1 0 1 1 5 1 1 3 3 2 2.0 1 2 5 4
FIN 5 4 4 3 2 3 2 3 3 3 2 2 4 3 3 3.0 4 4 5 2
GBR 3 1 2 1 2 3 1 1 2 5 4 4 4 3 1 2.0 1 3 5 5
JPN 4 1 0 1 2 2 0 2 5 4 3 1 1 3 3 2.0 2 4 5 3
KOR 3 3 0 1 2 1 0 0 1 4 0 1 1 2 3 2.0 1 2 1 3
MEX 0 3 4 0 3 2 5 2 3 5 2 2 0 0 0 0.0 0 1 0 3
NZL 5 1 2 1 2 3 1 1 5 2 3 5 2 2 2 0.5 0 0 3 3
NOR 5 3 2 4 2 4 2 5 4 2 4 5 4 2 4 4.0 5 4 5 0
SVK 1 4 3 2 4 2 1 2 5 2 3 2 4 2 2 3.0 0 2 0 3
USA 3 0 1 3 2 4 0 3 0 1 0 0 3 4 1 2.0 1 1 5 4
pvclustパッケージによって提供されるデータセット（lung）とRで提供される他のデータ（パッケージなど）で「病棟」を使用しようとしましたがBoston、MASS成功しませんでした。pvclust?