同じ問題が発生しました。修正するには、FEATURE_QUALIFIED_TABLE_NAMES プロパティを設定する必要があります。
変更を加えた同じサンプル コードを以下に示します (完全なデータベース エクスポートは必要ないため、コードの一部を削除しました)。
public static void main(String[] args) throws Exception
{
// database connection
Class driverClass = Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection jdbcConnection = DriverManager.getConnection(
"jdbc:sqlserver://<server>:1433;DatabaseName=<dbName>", "<usr>", "<passwd>");
IDatabaseConnection connection = new DatabaseConnection(jdbcConnection);
Properties props = new Properties();
props.put(DatabaseConfig.FEATURE_QUALIFIED_TABLE_NAMES, "true");
connection.getConfig().setPropertiesByString(props);
// dependent tables database export: export table X and all tables that
// have a PK which is a FK on X, in the right order for insertion
String[] depTableNames = TablesDependencyHelper.getAllDependentTables( connection, "vehicle.Vehicle_Series_Model_SMA" );
IDataSet depDataset = connection.createDataSet( depTableNames );
FlatXmlDataSet.write(depDataset, new FileOutputStream("vehicle.Vehicle_Series_Model_SMA.xml"));
}