OS X 10.10 SDK では、その階層のどこかにNSPopoverデフォルトで含まれているようです。NSVisualEffectView問題は、効果を管理する方法が見つからないように見えることです。
Xcode View Debugger を試してみましたが、あまり情報が得られませんでした:
この活気を微調整できると期待されていますか、それとも単に受け入れて先に進むことができると期待されていますか?
（明らかに強制されている）ダークモードで、効果を微調整したり、特定のアイテムの外観を変更したりできてもかまいません.
NSPopover のappearance プロパティを NSAppearance のインスタンスに設定する必要があるようです。
明るい色と暗い色の鮮やかさを含む多くの標準的な外観allowsVibrancyと、カスタムの外観のプロパティがあります。
鮮やかな外観のドキュメントには次のように書かれています：
これは、NSVisualEffectView またはそのサブビューの 1 つにのみ設定する必要があります。
NSPopover のドキュメントは更新されていないようです (のコメントはappearanceまだ NSPopoverAppearance 列挙型を参照しています)。