モザイク プロットを使用して対数線形モデルの残差を表示する光沢のあるアプリを作成しました。リアクティブ式のデータを使用して に渡す必要がありますloglm
。それはかなり難しいように思えますが、そうすると次のエラーが表示されます: "objet 'mod' introuvable".
どの行が問題を引き起こしているかはすでにわかっていますが、それを修正する方法がわかりません。以下のコードをそのまま実行すると、正常に動作するはずです。ただし、サーバー内の行のコメントを外す# mod <- loglm( formula = reformulate(f), data = mod )
と、同じエラーが発生するはずです。
どんな助けでも大歓迎です。
ui <- fluidPage(
titlePanel("Shiny Viz!"),
fluidRow( class= "R1",
tabsetPanel(type= "pills",
tabPanel("Log-linear model",
fluidRow(
column(3, offset=1,
selectInput("model", label= "Choose model to fit:",
choices= c("(SPT)","(SP,ST,PT)","(ST,PT)","(SP,PT)","(SP,ST)")),
selectInput("type", label= "Visualise the expected or observed values?",
choices = c("observed", "expected")),
sliderInput("n_breaks", label = "Degree Celcius per bin:",
min = .5, max = 5, value = 1, step = .5)),
column(8, plotOutput("loglinear.mosaic", height= "600px") )
))))
)
library(ggplot2)
library(data.table)
library(vcd)
library(vcdExtra)
server <- function(input, output) {
# Create data
DF <- data.table( Temp = runif(5000, 0, 30),
Presence = factor(rbinom(5000, 1, runif(20, 0.1, 0.60))),
Period = factor(as.integer(runif(5000, 1, 9))) )
# Reactive expression
loglinear <- reactive({
DF[ , Temperature.category := cut_interval(Temp, length= input$n_breaks)]
Tab <- xtabs(formula= ~ Period + Temperature.category + Presence,
data = DF)
return(Tab)
})
# mosaic plot
output$loglinear.mosaic <- renderPlot({
mod <- loglinear()
f <- switch(input$model,
"(SPT)"= c("Presence*Period*Temperature.category"),
"(SP,ST,PT)" = c("Presence*Period","Presence*Temperature.category","Period*Temperature.category"),
"(ST,PT)" = c("Presence*Temperature.category","Period*Temperature.category"),
"(SP,PT)" = c("Presence*Period","Period*Temperature.category"),
"(SP,ST)" = c("Presence*Period","Presence*Temperature.category"))
# mod <- loglm( formula = reformulate(f), data = mod )
mosaic(mod,
gp= shading_hcl,
spacing = spacing_highlighting,
type= input$type,
labeling_args= list(offset_varnames = c(right = 1, left=.5),
offset_labels = c(right = .1),
set_varnames = c(Temperature.category="Temperature", Period="Period",
Presence="Status")),
set_labels=list(Presence = c("Ab","Pr")),
margins = c(right = 5, left = 3, bottom = 1, top =3))
})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)