私はスクリプト作成にかなり慣れていないので、ネイティブ モードと iFrame サンドボックス モードの違いを理解したいと思っています。
特定のコードが一方では機能し、他方では機能しない理由を理解するのが困難です (たとえば、jquery オートコンプリートは Native でのみ機能し、Papaparse は iFrame でのみ機能します)。
このドキュメント以外に、違いを説明しているものが他にあまり見つからないようです。
リンクした記事には、次のリンクがあります: https://developers.google.com/apps-script/guides/html/restrictions
モードごとのさまざまな制限について詳しく説明しています。
1 つのモードで 1 つのライブラリまたは別のライブラリが壊れる理由については、特定のコードなしで答えるには広すぎます。