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複数のチェーンを含む PDB ファイルがありますが、チェーン ID はありません。R を使用して chainid を割り当て、個々のタンパク質鎖を分析し、それぞれの特定の部位を見つけられるようにしたいと考えています。

現在、Rpdb を使用してファイルを抽出しています。サンプル データ (単一の pdb ファイルからの各チェーンの上位数行) を以下に示します。

REMARK  99  Chain ID : 1
REMARK  99  Residues : 593
REMARK  99  Atoms    : 4782
REMARK  99  File     : final.sc.pdb
ATOM      1  N   MET     1      17.471 -55.657  42.605  1.00  0.00              
ATOM      2  CA  MET     1      17.516 -55.479  41.136  1.00  0.00              
ATOM      3  CB  MET     1      16.328 -56.188  40.460  1.00  0.00              
ATOM      4  C   MET     1      17.525 -54.045  40.745  1.00  0.00              
ATOM      5  O   MET     1      17.991 -53.186  41.492  1.00  0.00              
ATOM      6  CG  MET     1      14.961 -55.764  41.001  1.00  0.00           C  
ATOM      7  SD  MET     1      14.550 -56.460  42.632  1.00  0.00           S  
ATOM      8  CE  MET     1      12.951 -55.613  42.782  1.00  0.00           C  
ATOM      9  N   THR     2      17.012 -53.760  39.535  1.00  0.00              
ATOM     10  CA  THR     2      16.993 -52.420  39.040  1.00  0.00              
ATOM     11  CB  THR     2      16.552 -52.347  37.612  1.00  0.00                         
TER
REMARK  99  Chain ID : 1
REMARK  99  Residues : 531
REMARK  99  Atoms    : 4211
REMARK  99  File     : final.sc.pdb
ATOM      1  N   MET     1      55.179  17.162   2.445  1.00  0.00              
ATOM      2  CA  MET     1      55.489  16.069   3.613  1.00  0.00              
ATOM      3  CB  MET     1      55.199  16.623   5.019  1.00  0.00              
ATOM      4  C   MET     1      53.890  15.434   3.310  1.00  0.00              
ATOM      5  O   MET     1      52.902  15.782   3.971  1.00  0.00              
ATOM      6  CG  MET     1      56.062  17.833   5.341  1.00  0.00           C  
ATOM      7  SD  MET     1      55.937  18.517   7.006  1.00  0.00           S  
ATOM      8  CE  MET     1      56.886  17.217   7.874  1.00  0.00           C  
ATOM      9  N   ALA     2      53.854  14.445   2.424  1.00  0.00              
ATOM     10  CA  ALA     2      52.895  13.660   2.231  1.00  0.00              
ATOM     11  CB  ALA     2      53.134  12.918   0.924  1.00  0.00              
ATOM     12  C   ALA     2      52.253  12.986   3.391  1.00  0.00              
ATOM     13  O   ALA     2      51.034  12.834   3.347  1.00  0.00  
TER

列名は Rpdb によって次のように追加されます (注: chainid、insert、および segid には値がありません)。

recname eleid elename alt resname chainid resid insert     x1      x2     x3 occ temp segid

上記のchainidに追加する方法を知っている人はいますか? ありがとう！

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「TER」を使用してタンパク質鎖の開始と終了を定義することにより、今のところ何かを機能させることができましたが、より良い/スムーズな/高速な方法があれば教えてください:

#works for pdb file with two chains
pdb.input.table=read.delim(file.choose(),sep="",header=F)

#pdb chain splitting
chainAstart=1
chainAend=which(pdb.input.table=="TER")[1]
chainBstart=which(pdb.input.table=="TER")[1]+1
chainBend=which(pdb.input.table=="TER")[2]

new.chain.id=c(rep("A",chainAend),rep("B",chainBend-chainAend))

pdb.dock.input=cbind(pdb.input.table,new.chain.id)
于 2015-07-20T23:25:59.207 に答える