fscanf をループの最後に置きます。fscanf は、番号が確実に終了するまで読み取ります。入力ファイルの最後の文字が (スペースや改行ではなく) 数字である場合、最後の行を解析するとき (改行で終わらない行を「不完全な最後の行」と呼ぶ人もいます)、 fscanf は EOF にヒットし、番号の最後を見つけると、EOF がヒットしたため、feof が真になります。
feof をチェックするのではなく、fscanf のリターン コードをチェックする必要があります。数値として解析できる数字があるかどうかがわかります。
ファイルに含まれていると仮定します"11\n23"
f = fopen(...);
result = fscanf(f, "%d", &i);
// result == 1, because one variable has been read
// i == 11, because that's the first number
// file pointer is past the '\n', because '\n'
// had to be read to find out the number is not
// something like 110
// The '\n' itself has been put back using ungetc
// feof(f) == 0, because nothing tried to read past EOF
result = fscanf(f, "%d", &i);
// result == 1, because one variable has been read by this call
// i == 23 (obviously)
// file pointer is at EOF (it can't go further)
// feof(f) == 1, because fscanf tried to read past
// the '3' to check whether there were extra
// characters.
// (Your loop terminates here, because feof(f) is true
result = fscanf(f, "%d", &i);
// result == EOF (error before first variable)
// i is likely unchanged. I am unsure whether this
// is guaranteed by the language definition
// file pointer unchanged
// feof(f) still true
// You should terminate processing *NOW*, because
// return is no longer one.