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これはおそらくばかげた質問ですが、データ内の異なるグループ間の違いをテストするために、R で (Vegan パッケージを使用して) 冗長性分析を行うように言われました。ただし、データセットは 1 つしかなく (Iris データセット ( https://en.wikipedia.org/wiki/Iris_flower_data_set ) にほぼ匹敵します)、RDA で見つけたものはすべて 2 つの一致するセットが必要なようです。聞き間違いか誤解か、それとも何か他のことが起こっているのでしょうか?

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基礎となる統計に関する限り、2 つのデータ マトリックスがあります。

  1. irisデータセット内の 4 つの形態学的変数
  2. 単一のカテゴリ予測変数または制約

これとサンプルデータを使用するビーガンでは、次のようにします。rda()iris

library("vegan")
iris.d <- iris[, 1:4]
ord <- rda(iris.d ~ Species, data = iris)
ord

set.seed(1)
anova(ord)

順列検定、種間の違いを検定します。

> anova(ord)
Permutation test for rda under reduced model
Permutation: free
Number of permutations: 999

Model: rda(formula = iris.d ~ Species, data = iris)
          Df Variance      F Pr(>F)    
Model      2   3.9736 487.33  0.001 ***
Residual 147   0.5993                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

adonis()ここでは RDA と同じことを行う必要がありますが、別の観点から見た も参照してください。

> adonis(iris.d ~ Species, data = iris)

Call:
adonis(formula = iris.d ~ Species, data = iris) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

           Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species     2   2.31730 1.15865  532.74 0.87876  0.001 ***
Residuals 147   0.31971 0.00217         0.12124           
Total     149   2.63701                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

（何らかの理由でそれはずっと遅いです...）

またbetadisper()、これらの方法を使用して平均値 (重心) の差を検出する可能性があることも参照してください。これは、分散 (分散) の差に少なくとも部分的に起因する可能性があります。

于 2015-07-31T15:55:48.060 に答える