vhost_alias は proxypassmatch なしで正常に動作し、fpm は排他的な vhost で正常に動作します。vhost_alias から % を使用することは可能ですか?
<IfModule mod_vhost_alias.c>
<VirtualHost *:80>
ServerAlias *.*.in
UseCanonicalName Off
VirtualDocumentRoot /var/www/html/%2/%1/public
ProxyPassMatch ^/(.*\.php(/.*)?)$ fcgi://127.0.0.1:9000/var/www/html/%2/%1/public/$1
</VirtualHost>
</IfModule>