java - htsjdk 断続的なインデックス付き fasta 読み取りエラー

Question

htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile から断続的に例外が発生するという問題があります。

htsjdk.samtools.SAMException: シーケンス ディクショナリとインデックスに異なる数のコンティグが含まれているか、htsjdk.samtools.SAMException: 取得できません ...

問題は、同じコードを何度も呼び出していて、このエラーが断続的にしか発生しないことです。

特にシーケンス辞書の応答の場合、エラーメッセージは実際には誤解を招くものであると私は提案します。

Answer 1

私は最終的にこれをスレッド割り込み例外まで追跡しました。
プログラムは、fasta リーダーの独自のインスタンスを持つ複数のスレッドを使用していました。スレッドで割り込みを呼び出さず、別のメカニズムで閉じるようにソフトウェアを再設計しましたが、これを追跡するのにかなりの時間がかかりました。

振り返ってみると明らかかもしれません。

提案、htsjdk.samtools は割り込み例外をキャッチして、問題の原因を突き止めやすくする必要があります。