大量のトラフィック/トランザクションを計画していない場合、MyIsam ははるかに高速です。
MyIsam の問題は、使用中にテーブルがロックされるのに対し、innodb は単に行をロックすることです。このため、Innodb は少し遅くなりますが、同じテーブルへの同時アクセスが可能であるため、大量のトラフィック/トランザクションにより適しています。
結論として、サイトがデータベースにそれほどアクセスすることを期待せず、トラフィックが少ない場合は、通常、myIsam が速度の点で最適なオプションです。