ユーザーが特定のJarファイルを実行するときに、オプションフラグをJavaに渡すことができる必要があります。私はIDEとしてNetbeansを使用していますが、これを行うために各jarファイルを手動で変更することを避けるために、Netbeansをその中のどこかに設定できれば便利です。
プロジェクトの下で、右クリックしてプロパティに移動して実行すると、そこでオプションを設定できることはわかっていますが、配布可能なjarファイルに組み込まれるとは思いません。
jarプログラム自体に渡されたパラメータを読み取る方法を尋ねていないことに注意してください。Javaにオプションを渡す必要があります。