Raspberry Pi 2 で Windows 10 IoT Core をセットアップし、慣れると、Visual Studio 2015 が表示され、"リモート デバッガーを Visual Studio に合わせてアップグレードしてください" というメッセージが表示されます。これは、ここで説明されているように、インストール全体（最初からフラッシュ）を繰り返すことを意味しているようですhttp://ms-iot.github.io/content/en-US/win10/SetupRPI.htm
現在、Windows 10 IoT Core を更新する唯一の方法は "最初から再インストールする" ことですか? apt-get update のようなものはどうですか？