Xubuntu 15.04 を使用しています。最新のMonoDevelopを使って基本的なコンソールアプリを動かしてみました。新しいプロジェクトを作成しましたが、デバッグしようとすると次のように表示されます。
デバッガーに接続できませんでした
グーグルで答えを探したところ、gnome-terminal に問題があり、引数を受け入れなくなったこと--disable-factoryと、「外部コンソールで実行」のチェックを外すことに関する何かがあることがわかりました。チェックを外し、実行を押すとすぐに閉じました。
としてMonoDevelopを実行してみてくださいsudo
$ sudo モノデベロップ
出力端末エミュレータとして Xterm を使用します。
編集
root として Monodevelop を実行するのは大きな間違いです。
Oskar が言うように、最善の方法は、GNOME デスクトップ セッションの設定を解除するスクリプトを作成し、monodevelop を実行することです。
これを試してください（コピーして vim/nano に貼り付け、monodevelop.shとして保存します）
#!/bin/bash
unset GNOME_DESKTOP_SESSION_ID
monodevelop
それを (たとえば) ホームに配置し、実行権限を付与します。
chmod +x ./monodevelop.sh
実行したい場合は、 を実行し./monodevelop.shます。または、このガイドに従ってGNOME シェル アプリケーションとして追加することもできます。