r - Rで見栄えの良い5セットのベン図

Question

最近の論文で、素敵な 5 セットのベン図に出くわしました。

Rでこのようなベン図表示を生成するコードを作成する方法を知っている人はいますか?

私が見たパッケージのほとんどは、あまり明確でないバージョンを生成しているようです

何かご意見は？

編集: Nature の記事では、この Web ツールを使用しているようです: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ は、R パッケージ、特に非対称 Venns に移植するのに適している可能性があります。私が知っているパッケージ

score 28 · Accepted Answer

記録として、Adrian Dusa は、venn上記のような最大 7 セットのベン図を作成する、非常に優れた新しい R パッケージを作成しました。

library(venn)
venn(5, ilab=TRUE, zcolor = "style")

venn(7, ilab=TRUE, zcolor = "style")

クールなパッケージをありがとうエイドリアン！

score 9 · Accepted Answer

また、ゲント大学のバイオインフォマティクスサイトでオンラインのベン図ジェネレーターを使用し、独自の機能が必要でした。もちろん、カウントのテキストがすべて同じサイズになるように、各交差領域を適切なサイズにするという考え方です。これが私の試みです：

fiveCellVenn <- function(colorList=col2rgb(rainbow(5)),
                         cellCounts=seq(1,31,1),
                         cellLabels=c("one","two","three","four","five"),
                         saturation=.25){
  rotateVec <-function(vec,amount){
    return(c(vec[(amount+1):length(vec)], vec[1:amount]))
  }
  n=70
  xhull <- c()
  yhull <- c()
  for (i in 1:n){
    xhull <- c(xhull, cos((i*2*pi)/n))
    yhull <- c(yhull, sin((i*2*pi)/n))
  }
## The Venn cells begin as a 70-sided regular polygon
## plot(xhull, yhull)
## polygon(xhull, yhull)
## Multiply each unit vector in the hull by a scalar, arrived at by 
## iterative adjustment.
  adjust <-c(10,10.35,10.6,10.5,10.4,10.3,10.1,9.6,9,8.5,
             8,7.625,7.25,7.125,7,6.875,6.75,6.875,7,7.125,
             7.25,7.625,8.1,9.125,10.25,11.375,12.5,13.15,13.8,14.3,
             14.6,14.725,14.7,14.7,14.7,14.4,14.1,13.8,13.5,12.8,
             12.1,11.15,10.2,9.6,8.95,8.3,7.7,7,6.25,5.6,
             5,4.75,4.5,4.25,4,3.8,3.6,3.45,3.45,3.45,
             3.5,3.625,3.75,3.825,4,4.25,4.5,5.75,7.25,8.5)
  newxhull <- xhull*adjust
  newyhull <- yhull*adjust
## Text location was also done by hand:
  textLocationX <- c(-13,-3,8,9,-4,-7.5,7.5,-9,-8,4,6.5,-2,9,-4,1.4,4,-7.5,-3.5,7.5,-6,-6.5,6,1.5,4,-0.5,4.5,0,-5,-3.5,3.5,0)
  textLocationY <- c(1,12,8,-8,-12,6.5,4.5,1,-4,8.5,-6,8.5,-1.5,-8,-9,5,3.5,6,1.5,-6,-1.5,-2,8,-7,-6.5,2,5.5,2,-3.5,-4,0)
  textLocationMatrix <- matrix(cbind(textLocationX,textLocationY),nrow=31,ncol=2)
  plot(newxhull, newyhull, pch=".", xlim=c(-16,16), ylim=c(-16,16),
       axes=FALSE,xlab="",ylab="")
  newAdjust<-adjust
  for (i in 1:5){
    newxhull <- xhull*newAdjust
    newyhull <- yhull*newAdjust
    polygon(newxhull, newyhull, 
            border=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255, 1),
            lwd=2,
            col=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255,saturation))
    newAdjust <- rotateVec(newAdjust,14)
  }
  text(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2],labels=as.character(cellCounts))
  text(textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),1]*c(2,1.25,1.5,2,2),
       textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),2]*c(2,1.35,1.5,2,2),
       labels=cellLabels)
##  uncomment and run to get points and grid for adjusting text location
##  points(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2])
##  for (i in -16:16){
##   if (i%%5==0){
##     color="black"
##   }else{
##     color="lightblue"
##   }
##  abline(v=i,col=color)
##  abline(h=i, col=color)
##  }
}

それで

fiveCellVenn()

最初のものと同様の Venn が生成されます。画像を投稿する担当者がまだいません。おそらく、色を抑えて、セル名を移動したいと思うでしょう。

r - Rで見栄えの良い5セットのベン図

5 に答える 5

Related

Reference