スクリプトから nunit-console.exe を実行しようとすると、「フィクスチャが見つかりません」というエラーが表示されますが、これは NUnit GUI も実行している場合のみです。NUnit GUI を閉じると、スクリプトはテストを正常に実行します。
これは、スクリプトによって実行されている nunit コマンドです。
"C:\Dev\Test1\Build\NUnit\nunit-console.exe" "C:\Dev\Test1\Tests\bin\Release\Test1.Tests.dll" /framework=v4.0.30319
実行中の NUnit GUI の異なるバージョンである可能性もありますが、それでも干渉します (バージョン 2.5.1 と 2.5.5)。GUIが実行されていないときに実行される(nunit-console.exeプロセスによって生成される)nunit-agent.exeと関係があると思いますが、GUIが実行されているときにnunit colsoleが実行されると実行されませんも走っています。