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次のようなデータセット (「データ」) があります。

   PatientID Visit  Var1  Var2  Var3  Var4 Var5
1        ID1     0 44.28  4.57 23.56  4.36 8.87
2        ID1     1 58.60  5.34  4.74  3.76 6.96
3        ID1     2 72.44 11.18 21.22  2.15 8.34
4        ID2     0 65.98  6.91  8.57  1.19 7.39
5        ID2     1 10.33 38.27  0.48 14.41   NA
6        ID2     2 69.45 11.18 20.69  2.15 8.34
7        ID3     0 69.16  6.17  10.98  1.91 6.12
8        ID3     1 86.02  3.28  16.29  4.28 5.74
9        ID3     2 69.45 NA 20.69  2.15 8.34
10       ID4     0 98.55 26.75  2.89  3.92 2.19
11       ID4     1 32.66 14.38  4.96  1.13 4.78
12       ID4     2 70.45 11.42 21.78  2.15 8.34

すべてのデータポイントを含む MDS プロットを生成する必要があります。また、訪問ポイントを線で結び、訪問 1 を緑、訪問 2 を赤、訪問 3 を黒で色付けする必要があります (すべての個人で一貫した色)。

私のコードは次のようになります (非常に長いですが、機能しません)。

data.cor <- cor(t(data[,3:7]), use = "pairwise.complete.obs", method  = "spearman")

dim(data.cor)

dim(data)

rownames(data.cor) <- paste0(data$PatientID, "V", data$Visit)

colnames(data.cor) <- paste0(data$PatientID, "V", data$Visit)

c <- dist(data.cor)

fit <- cmdscale(c,eig=TRUE, k=2)

ff <- fit$points

ff <- as.data.frame(ff)

ff$pair <- paste0(substr(rownames(ff),1,6))

ff$pair <- factor(ff$pair)

pc.pair.distances <- matrix(nrow = nlevels(ff$pair), ncol = 1)

for(i in 1:nlevels(ff$pair)){

  pair2 <- ff[ff$pair %in% levels(ff$pair)[i] , ]

  pc.pair.distances[i,1] <- sqrt(

    ((pair2[1,1] - pair2[2,1]) * (pair2[1,1] - pair2[2,1])) 
+ ((pair2[1,2] - pair2[2,2]) * (pair2[1,2] - pair2[2,2]))
  )

  rm(pair2)

}

plot(ff[,1], ff[,2], xlab="Principal 1", ylab="Principal 2", type = "n", las = 1)

for(i in 1:nlevels(ff$pair)){

lines(ff[ff$pair == levels(ff$pair)[i],1], ff[ff$pair == levels(ff$pair)[i],2], col = "grey")

}

points(ff[,1], ff[,2], xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", type = "p",
   pch = ifelse(grepl(x = substr(rownames(ff), 7,8), "V1"), 20, 18),
   cex = 1.3)
)

よろしくお願いします。

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