こんにちは、スタック オーバーフローです。
TL;DR: I want to plot a bar plot with bar height 34.30, the upper error
bar extending to 55.68, and the lower error bar extending to 21.12. Can I set
error bars manually in R?
より長いバージョン:
遺伝子発現データのデルタデルタ Ct 計算を行っています。棒グラフを使用して式を表示したいと考えています。また、計算を通じてエラーを伝播したいと考えています。Livakらの方法論に従って、RまたはExcelで伝播計算を行うことができます。(2001)、信頼区間の上限と下限を取得します。しかし、これらを R でプロットするのは面倒です。なぜなら、最初に各処理の平均を取り、次にそれらの平均の差を取り、その差を変換するからです。したがって、私がプロットしている値は、複数の測定からの入力ではなく、単一の数値のみを取得します。そのため、標準的な方法でエラー バーをプロットすることはできません。これは、1 つの数値に誤差範囲がないためです。
自分で計算すると、95% 信頼区間の上限と下限を見つけることができます。これらをエラーバーの上限と下限として指定できるようにしたいと思います。これは可能ですか？
リヴァク等。(2001): http://www.gene-quantification.net/livak-2001.pdf
データがどのように見えるかの例を次に示します。
control
sample, gene1, gene2
1 , 30.00, 27.00
2 , 30.50, 27.25
3 , 29.50, 26.50
4 , 30.10, 26.90
treatment
sample, gene1, gene2
5 , 25.00, 27.00
6 , 25.50, 27.15
7 , 24.50, 26.80
8 , 25.10, 27.10
したがって、コントロールの各遺伝子の平均は、gene1 = 30.03、gene2 = 26.91 です。
The difference of control values is then: 30.03-26.91 = 3.12
そして、治療中の各遺伝子の平均は次のとおりです。gene1 = 25.03、gene2 = 27.01
The difference of control values is then: 25.03-27.01 = -1.98
と
The difference in expression between the control and treatment is: -1.98 - 3.12 = -5.10
私がプロットしている式の値 (倍率の変化) は次のとおりです。
私は誤差範囲に誤差範囲を使用しており、(-5.10) の上限と下限を取得し、同じ方法 (つまり 2^-X) でそれらを変換して、上限と下限を見つけています。変換されたデータの誤差範囲。変換の前に上限と下限を計算する必要があります。そうしないと、式の倍率変更で上限と下限が間違ってしまいます。
Margin of Error = (StDev*(T-stat/sqrt(n))) = 0.70, thus
The upper bound of -5.10 is -4.40
The lower bound of -5.10 is -5.80
The transformed gene expression (2^-(-5.1)) is: 34.30
The transformed upper bound is: 55.68
The transformed lower bound is: 21.12
したがって、バーの高さを 34.30 にして、上のエラー バーを 55.68 まで伸ばし、下のエラー バーを 21.12 まで伸ばしたいと思います。
ありがとう！