2 日間、Lapack で Openblas/atlas をインストールして R で使用しようとしました。もう何も考えられないところまで来ました。
サーバーの使用:
Red Hat Enterprise Linux Server リリース 6.6 (Santiago)
これまでにインストールしたものは次のとおりです。
[root@tpdb05 atlas]# yum install atlas.x86_64 blas.x86_64 lapack.x86_64 Loaded plugins: product-id, refresh-packagekit, rhnplugin, security, subscription-manager
Setting up Install Process
Package atlas-3.8.4-2.el6.x86_64 already installed and latest version
Package blas-3.2.1-4.el6.x86_64 already installed and latest version
Package lapack-3.2.1-4.el6.x86_64 already installed and latest version
[root@tpdb05 ruser]#
yum install lapack.i686
Installed:
lapack.i686 0:3.2.1-4.el6
Dependency Installed:
blas.i686 0:3.2.1-4.el6 glibc.i686 0:2.12-1.166.el6_7.3 libgfortran.i686 0:4.4.7-16.el6
nss-softokn-freebl.i686 0:3.14.3-23.el6_7
Dependency Updated:
glibc.x86_64 0:2.12-1.166.el6_7.3 glibc-common.x86_64 0:2.12-1.166.el6_7.3 glibc-devel.x86_64 0:2.12-1.166.el6_7.3
glibc-headers.x86_64 0:2.12-1.166.el6_7.3 nss-softokn-freebl.x86_64 0:3.14.3-23.el6_7
yum install atlas.i686
Installed:
atlas.i686 0:3.8.4-2.el6
[root@tpdb05 SRPMS]# yum install rpm-build
Installed:
rpm-build.x86_64 0:4.8.0-47.el6
Dependency Installed:
redhat-rpm-config.noarch 0:9.0.3-44.el6
Dependency Updated:
rpm.x86_64 0:4.8.0-47.el6 rpm-libs.x86_64 0:4.8.0-47.el6 rpm-python.x86_64 0:4.8.0-47.el6
[root@tpdb05 SRPMS]# yum install atlas-c++-devel.x86_64
Installed:
atlas-c++-devel.x86_64 0:0.6.1-1.el5.rf
Dependency Installed:
atlas-c++.x86_64 0:0.6.1-1.el5.rf
ATLAS を指定する通常の方法は、
--with-blas="-lf77blas -latlas" 経由です。
ただし、このコマンドをどこで使用するかはわかりません。Rのインストール中?ライブラリ間で単純に交換できるはずだと確信しています..
R で atlas/openblas/lapack ライブラリを使用するにはどうすればよいですか?