私は、IBM JDK の JNI 実装でバグに遭遇したと思います。
私は Apache ActiveMQ Artemis に取り組んでおり、IBM JDK 1.8 で問題が発生していたため、最近、次の修正を行う必要がありました。
https://github.com/apache/activemq-artemis/commit/18e41963b61a5ef6dbcdb150e27c07c062deaa66
問題は、おそらくオブジェクトでもある methodID で NewGlobalRef を取得することです。Sun JDK を介して NewGlobalRef(MethodID) を取得する場合はすべて問題ありませんが、IBM JDK で取得すると GPF が発生します。
NewGlobalRef を削除することで Artemis Native レイヤーを修正できましたが (最終的には不要だったと思います)、それでも JVM はコア ダンプしないはずです。
問題を再現するプロジェクトをまとめました: https://github.com/clebertsuconic/simple-JNI-bug
最後のコミットを元に戻すか、メソッド ID の NewGlobalRef の周りのコードにコメントを付けると、すべてがパスします。