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runjags の出力をプロットするとき、他の多くの変数が同様の名前を持っている場合、1 つの特定の変数をどのようにプロットしますか? 引用符で囲まれた変数名をvars引数に指定しても、それは行われないようです (それでもすべての部分一致が提供されます)。

これは簡単な再現可能な例です。

N <- 200
nobs <- 3
psi <- 0.35
p <- 0.45
z <- rbinom(n=N, size=1,prob=psi)
y <- rbinom(n=N, size=nobs,prob=p*z)

sink("model.txt")
cat("
model {
for (i in 1:N){
    z[i] ~ dbern(psi)
    pz[i] <- z[i]*p
    y[i] ~ dbin(pz[i],nobs) 
    } #i
psi ~ dunif(0,1)
p ~ dunif(0,1)
}                                                   
",fill = TRUE)
sink()

m <-list(y=y,N=N,nobs=nobs)
inits <- function(){list(psi=runif(1),p=runif(1),z=as.numeric(y>0))}  
parameters <- c("p","psi")

ni <- 1000
nt <- 1
nb <- 200
nc <- 3
ad <- 100

library(runjags)

out <- run.jags(model="model.txt",monitor=parameters,data=m,n.chains=nc,inits=inits,burnin=nb,
    sample=ni,adapt=ad,thin=nt,modules=c("glm","dic"),method="parallel")

windows(9,4)
plot(out,plot.type=c("trace","histogram"),vars="p",layout=c(1,2),new.window=FALSE)
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1

変数を二重引用符で囲んで正確に一致させることができるはずですが、これは壊れているようです。vars に論理ベクトルを指定することもできるはずですが、これは plot メソッドでは壊れているようです...なんて恥ずかしいことでしょう。ただし、以下は機能します。

# Generate a logical vector to use with matching variable names:
variables <- extract(out, 'stochastic')
variables['psi'] <- FALSE

# Add summary statistics only for the specified variables and pre-draw plots:
out2 <- add.summary(out, vars=variables, plots=TRUE)

plot(out2, plot.type=c("trace","histogram"))

次のリリースで他の問題を修正します。

マット

于 2015-10-07T13:35:09.147 に答える