dm-script - キャリブレーションによってスライスを水平方向に整列させるスクリプト コマンド

Question

LinePlotImageDisplay で特定のスライスを指定し、キャリブレーション (またはキャリブレーションされていない (チャネル) によってスライスを水平方向に整列) アクションを実行できるスクリプト コマンドはありますか?

Answer 1

次のスクリプトは、BmyGuest が提供するサンプル コードに基づく完全な移植です。LinePlotImageDisplay 内のすべてのスライスを、キャリブレーションまたはチャネル (つまり、キャリブレーションなし) のいずれかによって水平方向に整列させます。

class SliceAlignment : object {
    number true, false;     // boolean
    image imgLPID;
    imageDisplay LPID;      // line plot image display

number CalculateImageToGroupTransformFactors( object self, image slice_src, image slice_ref, number &relOff, number &relScale ) {
    number origin_ref, scale_ref, origin_src, scale_src;
    string unit_ref, unit_src;
    number calFMT = 0;          // origin is expressed in calibrated unit
    //
    slice_src.ImageGetDimensionCalibration( 0, origin_src, scale_src, unit_src, calFMT );
    slice_ref.ImageGetDimensionCalibration( 0, origin_ref, scale_ref, unit_ref, calFMT );
    //
    relScale = scale_src / scale_ref;
    relOff = (origin_src - origin_ref) / scale_ref ;
    // check if both images are calibrated in same unit
    if( unit_src != unit_ref ) return false
    return true;
};

void AlignNthSliceHorizontallyByChannel( object self, number slice_idx ) {
    // get current reference slice index
    number refSlice_idx = LPID.LinePlotImageDisplayGetSlice();
    // get slice ID's (as objects)
    object slice_ref = LPID.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(refSlice_idx);
    object slice_src = LPID.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(slice_idx);
    number int_offset = 0, int_scale = 1.0;         // vertical (intensity) offset and scaling factors
    number pos_offset = 0, pos_scale = 1.0;         // horizontal (position) offset and scaling factors
    LPID.LinePlotImageDisplaySetImageToGroupTransform( slice_src, slice_ref, int_offset, int_scale, pos_offset, pos_scale );
};  

void AlignNthSliceHorizontallyByCalibration( object self, number slice_idx ) {
    // get current reference slice index
    number refSlice_idx = LPID.LinePlotImageDisplayGetSlice();
    // get slice ID's (as objects)
    object slice_ref = LPID.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(refSlice_idx);
    object slice_src = LPID.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(slice_idx);
    number int_offset = 0, int_scale = 1.0;         // vertical (intensity) offset and scaling factors
    number pos_offset, pos_scale;                   // horizontal (position) offset and scaling factors
    number unit_check = self.CalculateImageToGroupTransformFactors( imgLPID{slice_idx}, imgLPID{refSlice_idx}, pos_offset, pos_scale );
    if( unit_check == false ) {
        string prompt = "slice #" + slice_idx + " [" + LPID.ImageDisplayGetSliceLabelById( LPID.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(slice_idx) ) + "] is calibrated in different unit!";
        if( !ContinueCancelDialog( prompt ) ) return
    };
    LPID.LinePlotImageDisplaySetImageToGroupTransform( slice_src, slice_ref, int_offset, int_scale, pos_offset, pos_scale );
    return;
};

void AlignAllSlicesHorizontallyByChannel( object self ) {
    number nSlices = LPID.LinePlotImageDisplayCountSlices();
    for( number idx = 0; idx < nSlices; idx++ ) self.AlignNthSliceHorizontallyByChannel( idx );
    return;
};

void AlignAllSlicesHorizontallyByCalibration( object self ) {
    number nSlices = LPID.LinePlotImageDisplayCountSlices();
    for( number idx = 0; idx < nSlices; idx++ ) self.AlignNthSliceHorizontallyByCalibration( idx );
    return;
};

object init( object self, image img ) {
    // check if the image display is correct type
    imgLPID := img;
    LPID = imgLPID.ImageGetImageDisplay(0);
    if( LPID.ImageDisplayGetDisplayType() != 3 ) throw( "Please choose a valid line plot display" );
    return self;
};

SliceAlignment( object self ) {
    true = 1; false = 0;
    result( "SliceAlignment [obj ID:" + self.ScriptObjectGetID().hex() + "] constructured\n" );
};

~SliceAlignment( object self ) {
    result( "SliceAlignment [obj ID:" + self.ScriptObjectGetID().hex() + "] destructured\n\n" );
}; };

{; object objAlign = alloc(SliceAlignment);
objAlign.init( GetFrontImage() );
if( OptionDown() ) objAlign.AlignAllSlicesHorizontallyByChannel();
else objAlign.AlignAllSlicesHorizontallyByCalibration(); };

Answer 2

いいえ、この調整を実現するための単一の「便利な」コマンドはありません。スライスのキャリブレーションを読み取り、その表示座標系を設定して、対応する関数を自分で作成する必要があります。FELMI ホームページにある次の (古い) チュートリアル PDF が役立つ場合があります。

SlicesInLinePlotDisplay.pdf

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次のサンプル スクリプトも役立つ場合があります。1 つのスライスが別のスライスに対してどのように配置されているかを示します。(X軸のみ)

// All Slices in a LinePlot are grouped into a single 'group'
// Slices can be moved relative to each other by specifying their image-to-group transform, 
// and the whole image (i.e. the group) can be moved with respect to the display using the group-to-display transform.
// To set the image-to-group transform of the slice specified by 'slice_id', with respect to the slice specified by 'ref_id' 
// use the command: 
//  LinePlotImageDisplaySetImageToGroupTransform( LinePlotImageDisplay lpid, ScriptObject slice_id, ScriptObject ref_id, double  off_val, double  scale_val, double  off_dim_0, double scale_dim_0 )

/*********************************************************/
// Create 2 LinePlots and add them into one display
// (Initially they are aligned by their calibrations)
number sc1 = 1
number of1 = -50
number sc2 = 2
number of2 = -20

image sl1 := realImage("S1",4,300)
image sl2 := realImage("S2",4,300)
sl1 = (iwidth-icol)/iwidth
sl2 = (iwidth-icol)/iwidth
sl1[0,50,1,60] = 1
sl1[0,250,1,260] = 1
sl2[0,10,1,15] = 1
sl2[0,110,1,115] = 1
// Adding Calibrations
sl1.ImageSetDimensionCalibration(0,of1,sc1,"CH",0)
sl2.ImageSetDimensionCalibration(0,of2,sc2,"CH",0)

sl1.DisplayAt(20,30)
sl2.DisplayAt(750,30)
OKDialog( "Put into one Display" )

imageDisplay disp = sl1.ImageGetImageDisplay(0) 
disp.ImageDisplayAddImage( sl2, "S2")                       // When added like this, the slices are automatically aligned by their respective calibration!
disp.LinePlotImageDisplaySetDoAutoSurvey( 0, 0 )
object ref_id = disp.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(0)       // Slice 0
object slice_id = disp.ImageDisplayGetSliceIDByIndex(1)     // Slice 1

OKDialog("Now align by channels (i.e. undo any relative sclice alignment)")
// Simply set the relative "shifts" and "scales" to 0 and 1.
disp.LinePlotImageDisplaySetImageToGroupTransform( slice_id, ref_id, 0, 1, 0, 1 )   

OKDialog("Now align by chalibration ")
number relScale = sc2/sc1
number relOff = of2-of1
disp.LinePlotImageDisplaySetImageToGroupTransform( slice_id, ref_id, 0, 1, relOff, relScale )