やりたいことの例を提供するために、虹彩データを変更しました。以下のリンクで提供されているように、虹彩データに列を追加します。この追加の列には、臓器に基づくいくつかのグループもあります。
次に、PCA を実行してプロットします。色と形で区別された 2 つのグループをプロットに入れたいと思います。器官は 4 つの形で区別されますが、プロットに示されている青色を除いて種は色で区別されません。
library(ggbiplot)
data(iris)
#### add an extra column with organ information
iris$organ<-c(rep("leaf",50),rep("root",50),rep("shrub",25),rep("petal",25))
# log transform
log.ir <- log(iris[, 1:4])
#grouping by species
ir.species <- iris[, 5]
#grouping by organs
ir.organ <- iris[,6]
##PCA
ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE,scale. = TRUE)
###PCA plots
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,groups = ir.species)
g+geom_point(aes(shape=factor(ir.organ)))
