ウィンドウ + ツールバーを表示するために xib ファイルを使用しています。Mac OS アプリを最新の Xcode (7 または 7.1) でコンパイルすると、Yosemite 10.10.5 ではツールバー項目が非表示になりますが、El Capitan では問題なく動作します。
領域をクリックすると、アクションが実行されるため、ラベルと画像のみが非表示になります。
Xcode 7.1 でゼロから xib ファイルを再作成しましたが、問題はまだ残っています。
参考までに: Xcode 7 がリリースされる前のコード履歴に戻り、xib を Xcode 7 に移行せずにアプリをコンパイルすると、問題は再現できません。