あなたが作成したものはuniversal app. これは、controllersandviewmodelsを共有できること、およびviewsfor classic(ExtJs) およびmodern(Sencha Touch) アプリがそのプラットフォームに固有であることを意味します。Main.js行方不明ではなく、別の場所にあります。

特定のプラットフォーム (クラシックまたはモダン) 用のアプリを生成したい場合は、それが可能です。
sencha generate app -ext MyAppName ./MyAppPath
これにより、指定されたフレームワークで利用可能な最新バージョンを使用してアプリケーションが生成されます。
Ext JS 6 の場合、デフォルトでは、このアプリケーションはユニバーサル アプリケーションになります。これをオーバーライドして特定のツールキットを選択するには、これらのバリエーションのいずれかを使用できます
sencha generate app -ext -classic MyAppName ./MyAppPath
sencha generate app -ext -modern MyAppName ./MyAppPath
ソース