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SBML モデルを Matlab 関数に変換するツールを探しています。SBMLTranslate()libSBML の関数を試しましたが、これは関数ではなく Matlab 構造体を返します。そのようなツールが存在するかどうか誰かが知っていますか? ありがとう

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この方向には、少なくとも 3 つの取り組みがあります。

  1. Frank Bergmann は、SBML ファイルをアップロードして MATLAB ファイルを生成できるSBML 翻訳のオンライン サービスを提供しています。生成された MATLAB ファイルの上部にあるコメントは、結果の使用方法を説明しています。C++ ソース コードはSourceForge で入手できます。
  2. 上記で参照されている Bergmann のコードは、Stanley Gu がWindows スタンドアロン プログラムであるsbml2matlabを作成するために使用されました。ちなみに、Gu のバージョンが Bergmann のバージョンで使用されていたアルゴリズムを変更または強化したかどうかはわかりませんが、可能性は高いと思われます。(注: 私の知る限り、Gu は現在 Google で働いており、このコードを保守していません。)
  3. Systems Biology Format Converter (SBFC)は、主に Nicolas Rodriguez によって書かれたフレームワークです。これには一連のコンバーターが含まれており、そのうちの 1 つがSBML から MATLAB へのコンバーターです。このコンバーターは Java で記述されています。

私はまだ翻訳者の結果を自分で比較していないので、出力の違いや品質について話すことはできません. それらを試してみて、関連するフィードバックがある場合は、作者に知らせてください。実際のユーザーにとって何が機能し、何が機能していないかを知ることは、将来の改善に役立ちます。

最後の注意点は、これらはすべて研究プロジェクトであるため、それに応じて期待を設定するようにしてください. (これは著者に対する批判ではありません。著者は非常に優れています。私は彼らのほとんどを個人的に知っています。しかし、学術開発作業の現実は、これらのシステムを包括的で強化し、洗練されたものにするための時間とリソースが不足していることです。私たちが望んでいる程度に文書化されています。)

于 2015-10-27T04:02:32.440 に答える