正確に何を達成したいですか?
たとえば、パスワードと特別なポートを含む SSH を使用する場合は、[オプション] -> [統合] で [URL オーバーライド] を使用し、次のようにオーバーライドを定義します。
cmd://"C:\Program Files (x86)\putty\putty_0.63.exe" -ssh -l {USERNAME} -pw {PASSWORD} -P {URL:PORT} {URL:HOST}
これは、必要なことを実行するバッチ ファイルを呼び出すためにも使用できる方法です。