まだスーパーユーザーを作成できない場合は、appengine 管理 Web インターフェースから試すことができます。アプリケーションを起動すると、同様のログが表示されます。
prost@prost-VirtualBox:~/projects/website$ ./manage.py runserver
WARNING:root:The rdbms API is not available because the MySQLdb library could not be loaded.
INFO:google.appengine.tools.appengine_rpc:Server: appengine.google.com
INFO:root:Checking for updates to the SDK.
INFO:root:Running application dev~incloudscz on port 8000: http://127.0.0.1:8000
INFO:root:Admin console is available at: http://127.0.0.1:8000/_ah/admin
...
...
管理コンソールの最後の行は、管理インターフェースの URL です。is_superuser を True に設定して、"Datastore viewer" -> "Entity kind: auth_user" -> "List entities" または "Create entity" でユーザーを作成/表示できます。