jena のOntology API (RDF API の上にある) と、特にimportsセクションを参照してください。
あなたが望むようなものを作るには、試してください:
String base = "http://www.example.com/ont";
OntModel model = ModelFactory.createOntologyModel();
Ontology ont = model.createOntology("");
ont.addImport(model.createResource("http://test.owl#"));
model.write(System.out, "RDF/XML-ABBREV", base);
結果:
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xml:base="http://www.example.com/ont">
<owl:Ontology rdf:about="">
<owl:imports rdf:resource="http://test.owl#"/>
</owl:Ontology>
</rdf:RDF>